我一直致力于处理大量dna的perl程序。它输出正是我需要的东西但是它比我想要使用NYTprof需要更长的时间我已经缩小了主要问题区域，将我的值加在一起的循环。会使用inline :: C进行数学计算，使我的程序更快，还是应该接受速度并继续前进？还有另一种提高速度的方法吗？ here是我的程序，它将运行的输入以及已输入默认值的可执行文件。
答案 0 :(得分：3)
你不太可能在这里得到有用的帮助（包括在内）。我可以看到你的代码存在各种问题，而且没有一个与语言的选择有关。
使用CPAN。如果您正在解析genbank，请使用一些an appropriate module。
你在Perl中编写程序集，Perl和你都不是很擅长。当你不将参数传递给子程序时，几乎不可能知道发生了什么，而是依赖全局的全局变量。 @X1, @X2, @Y1, @Y2是什么意思？
以下可能是您的问题：until ($ender - $starter > $tlength) {（第153行）。根据您的测试用例，这些开始时分别为103,1和200，并且不清楚它们何时或是否发生变化。取决于@te中的内容，它可能会或可能不会退出循环;我无法从你的代码中辨别出来。
如果我们确切地知道add的参数，进出的不变量以及它返回的内容，将会有所帮助。
这就是我得到的全部。
答案 1 :(得分：0)
如果适用，我会在评论中提出PDL的建议。或者使用针对您的问题量身定制的CPAN模块（如果适用的话）。
在那段代码中，我没有看到任何看起来像“将我的值加在一起的循环”的东西;请显示您正在考虑优化的代码，理想情况是它周围有足够的结构来实际运行它。
因此，为了回答您的一般性问题，是的，如果您确定您的性能问题仅限于它实际可以为您做什么，那么Inline :: C可以是一个有用的优化工具。在使用它时，请注意从Perl调用C代码或反之亦然非常昂贵，因此您必须将足够的代码转换为C以最小化转换。