图形绘图软件

Question

我需要绘制由以下方式组织的1876个群组成的图形：

962 clusters composed by 1 node
651 clusters composed by 2 nodes
144 clusters composed by 3 nodes
52  clusters composed by  4 nodes
24  clusters composed by  5 nodes
8   clusters composed by 6 nodes
8 clusters composed by 7 nodes
2 clusters composed by 8 nodes
4 clusters composed by 9 nodes
3 clusters composed by 10 nodes
1 cluster composed by  11 nodes
1 cluster composed by  12 nodes
4 clusters composed by 13 nodes
1 cluster composed by  16 nodes
1 cluster composed by  21 nodes
1 cluster composed by  22 nodes
1 cluster composed by  24 nodes
1 cluster composed by  25 nodes
1 cluster composed by  26 nodes
1 cluster composed by  29 nodes
2 clusters composed by 31 nodes
1 cluster composed by  43 nodes
1 cluster composed by  65 nodes
1 cluster composed by  4843953 nodes

我尝试了几个包括pajek，SocNet的软件，但它们似乎更加以节点为中心（它们允许您在节点上执行统计和一些高级操作）。相反，我不关心节点本身，我也不关心他们的连接。 我只想显示带有节点的集群。
有没有人知道任何可以帮助我的软件？

。这是livejournal的图表

Answer 1

原则上，Mathematica 8应该能够使用新的Graph对象处理您的问题。我说，“原则上”，因为我无法想象当在屏幕上或纸上打印时，近500万个节点（或顶点）的集群会是什么样子。选择合适的GraphLayout至关重要，因为Hu的比较显示：

它们是同一图形（936个顶点）的3个描绘，左边是最差的渲染（当然）。本文包含一个具有225k顶点的图形的渲染，这些顶点具有一定程度的可辨别结构。

无论如何，它可以以邻接矩阵或边缘列表等形式处理输入。边缘可以指向或不指向。您可以显示和标记全部或部分顶点和边缘。您还可以删除群集（GraphComponents）并单独或组合显示它们。它还为您提供了各种GraphLayout选项：CircularEmbedding，SpiralEmbedding，HighDimensionalEmbedding，LargeNetwork等。有各种GraphStyles。

有一个名为NeighborhoodGraph的命令可能对这个庞大的集群很有用。邻域[g，v，n]在距离顶点v的n个步骤内生成所有节点的子图。您还可以通过要求具有预定的边，顶点或两者的列表的子图来简化事物。

请注意，某些Graph文档将引用Combinatorica，虽然它非常出色并且用于许多目的，但在我看来，它不会像版本8 Graph对象那样精确地渲染图形。

讨论了有关巨大图表的图表布局的一些问题here。还有SO discussion关于绘制大型图表的方法，其中比较了各种软件解决方案。

Answer 2

尝试AT＆amp; T的graphviz。

Answer 3

我认为你不会对你的问题得到合理的答案，但我想在这里提供2美分：

• 看看如何绘制图形图表的示例，然后重新制定问题。
• 如何将一个群集可视化？大多数集群都很容易可视化，但是具有4.843.953节点的集群是一个杀手。我怀疑将这个集群与其他集群一起可视化是不合适的......
• 我目前看到的最好的是Software from TowSawyer可视化图形。但该软件的价格很高，也许它可以帮助我们清楚地了解如何形象化。

当你在上面的评论中找到答案和详细信息时，我认为会有一种方法可以相应地对它们进行可视化。

Answer 4

Tulip，它与每个主要的Linux发行版（但显然也可用于Windows）一起提供，据称​​“能够在相对适中的硬件上管理多达500,000个节点和边缘的图形（例如，600MHz Pentium III，256MB RAM）“。

听起来就像你想要的那样。