有没有一种方法可以创建代码架构图，以概述相互来源的 R 脚本？

Question

我在 R 中有很多不同的脚本，它们通过 source() 相互获取。我正在寻找一种创建概览图的方法，该图可以直观地链接每个脚本，以便我可以轻松查看代码的“源层次结构”。

结果可能类似于：

我希望有一个不需要软件许可证的解决方案。

希望它有意义！ :)

Answer 1

我可以建议您使用 Knime。它有你正在寻找的那种图表。它已经编写了一些脚本来清理、可视化数据和写入输出，并与 R 和 Python 集成。

https://docs.knime.com/?category=integrations&release=2019-12 https://www.knime.com/

祝你好运。

Answer 2

出于示例目的，将目录更改为空目录并运行最后注释中的代码以创建一些示例 .R 文件。

在下面代码的前两行中，我们将 files 变量设置为包含感兴趣的 R 文件路径的字符向量。我们还将 st 设置为主源文件的路径。这里是 a.R，但可以适当更改。

代码首先在每个此类文件的开头插入包含在变量 insert 中的行。

然后它使用显示的 source 命令检测 trace，以便每次运行 source 时都会生成一条日志记录。然后我们source顶级 R 文件。

最后我们读入日志并使用 igraph 包生成源文件树。 （可以使用任何其他可以生成合适图形的包。）

# change the next two lines of code appropriately.
# Settings shown are for the files generated in the Note at the end
# assuming they are in the current directory and no other R files are.
files <- Sys.glob("*.R")
st <- "a.R"

# inserts indicated line at top of each file unless already inserted
insert <- "this.file <- normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile)"
for(f in files) 
  inp <- readLines(f)
  ok <- !any(grepl(insert, inp, fixed = TRUE)) # TRUE if insert not in f
  if (ok) writeLines(c(insert, input), f)
}

# instrument source and run to produce log file
if (file.exists("log")) file.remove("log")
this.file <- "root"
trace(source, quote(cat("parent:", basename(this.file), 
  "file:", file, "\n", file = "log", append = TRUE)))
source(st)  # assuming a.R is the top level program
untrace(source)

# read log and display graph
DF <- read.table("log")[c(2, 4)]

library(igraph)
g <- graph.data.frame(DF)
plot(g, layout = layout_as_tree(g))

例如，如果我们在最后的 Note 中生成了文件，那么上面的代码会生成此图：

注意

cat('
source("b.R")
source("c.R")
', file = "a.R")

cat("\n", file = "b.R")

cat("\n", file = "C.R")