Question

我正在尝试通过 Linux 命令行对某些数据运行 nexflow 管道，但是当我这样做时，它失败了，因为它无法创建 Conda 环境。

尽管环境设置不正确，但它似乎仍会尝试运行管道，因此会生成错误消息。任何帮助将非常感激。这是错误信息：

Error executing process > 'my_process (1)'
Caused by:
  Failed to create Conda environment
  command: conda env create --prefix /my_file_path-6bf38a923b48a255f96ea3d66d372e6c --file /my_file_path/environment.yml
  status : 143
  message:

这是我的 environment.yml 文件：

name: pipeline_name
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - filtlong
  - blast==2.5
  - minimap2 
  - samtools 
  - pysam 
  - pandas 
  - matplotlib 
  - pysamstats
  - seaborn 
  - medaka
  - bedtools
  - bedops
  - seqtk
  - bioawk
  - sniffles

Answer 1

不是这个问题的答案，但如果您遇到类似的失败并且不同的退出状态（120，而不是 143），请尝试此线程中的修复。在此转发：

文件中的 conda 环境无法使用 nextflow · 问题 #1081 · nextflow-io/nextflow：https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1081

<块引用>

pditommaso 于 2019 年 3 月 18 日发表评论
120 退出状态表示已达到创建超时。尝试增加它，例如。

conda.createTimeout = '1 h'

无法创建 Conda 环境状态：143

1 个答案: