Question

我是新来的参数化装置和固定装置，并且仍在学习中。我发现了一些使用间接参数化的文章，但是我很难根据代码中的内容来实现。将不胜感激关于如何实现此目标的任何想法。

我的conftest.py中有一些固定装置，可将输入文件提供给测试文件中的函数“ get_fus_output（）”。该函数处理输入并生成两个数据帧以在我的测试中进行比较。此外，我将基于一个公共值（'Fus_id'）替换这两个DF，以分别对其进行测试。因此，此函数的输出将是[（Truth_df1，test_df1），（Truth_df2，test_df2）...]只是为了参数化每个测试和真值df的测试。不幸的是，我无法在测试功能“ test_annotation_match”中使用此功能，因为该功能需要固定装置。

我无法将灯具作为输入提供给另一个灯具进行参数化。是的，pytest不支持它，但无法通过间接参数化找出解决方法。

#fixtures from conftest.py

@pytest.fixture(scope="session")
def test_input_df(fixture_path):
    fus_bkpt_file = os.path.join(fixture_path, 'test_bkpt.tsv')
    test_input_df= pd.read_csv(fus_bkpt_file, sep='\t')
    return test_input_df


@pytest.fixture
def test_truth_df(fixture_path):
    test_fus_out_file = os.path.join(fixture_path, 'test_expected_output.tsv')
    test_truth_df = pd.read_csv(test_fus_out_file, sep='\t')
    return test_truth_df

@pytest.fixture
def res_path():
    return utils.get_res_path()

#test script

@pytest.fixture
def get_fus_output(test_input_df, test_truth_df, res_path):
    param_list = []
    # get output from script
    script_out = ex_annot.run(test_input_df, res_path)

    for index, row in test_input_df.iterrows():
        fus_id = row['Fus_id']
         param_list.append((get_frame(test_truth_df, fus_id), get_frame(script_out, fus_id)))
    
    # param_list eg : [(Truth_df1, test_df1),(Truth_df2, test_df2)...]
    print(param_list)
    return param_list


@pytest.mark.parametrize("get_fus_output", [test_input_df, test_truth_df, res_path], indirect=True)
def test_annotation_match(get_fus_output):
    test, expected = get_fusion_output
    assert_frame_equal(test, expected, check_dtype=False, check_like=True)

#OUTPUT
================================================================================ ERRORS ================================================================================
_______________________________________________________ ERROR collecting test_annotations.py
 _______________________________________________________
test_annotations.py:51: in <module>
    @pytest.mark.parametrize("get_fus_output", [test_input_df, test_truth_df, res_path], indirect=True)
E   NameError: name 'test_input_df' is not defined
======================================================================= short test summary info ========================================================================
ERROR test_annotations.py - NameError: name 'test_input_df' is not defined
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Interrupted: 1 error during collection !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
=========================================================================== 1 error in 1.46s ===========================================================================

Answer 1

我不是100％肯定我了解您在这里尝试做的事情，但是我认为您对参数化和灯具的作用的理解是不正确的。似乎您正在尝试使用固定装置来创建测试的参数列表，但这并不是正确的选择方法（并且您看到的方法肯定行不通）

为全面说明如何解决此问题，首先，让我简要介绍一下如何使用参数化和固定装置。

参数化

我认为这里没有什么新鲜的东西，但是只是要确保我们在同一页面上：

通常，在Pytest中，一个test_*函数就是一个测试用例：

def test_square():
    assert square(3) == 9

如果您要执行相同的测试，但要使用不同的数据，则可以编写单独的测试：

def test_square_pos():
    assert square(3) == 9

def test_square_frac():
    assert square(0.5) == 0.25

def test_square_zero():
    assert square(0) == 0

def test_square_neg():
    assert square(-3) == 9

这不是很好，因为它违反了DRY原则。参数化是解决方案。通过提供测试参数列表，您可以将一个测试用例变成几个：

@pytest.mark.parametrize('test_input,expected',
                         [(3, 9), (0.5, 0.25), (0, 0), (-3, 9)])
def test_square(test_input, expected):
    assert square(test_input) == expected

固定装置

固定装置也与DRY代码有关，但是方式不同。

假设您正在编写一个Web应用程序。您可能有几个需要连接到数据库的测试。您可以将相同的代码添加到每个测试中，以打开并设置测试数据库，但这肯定是在重复您自己。例如，如果您切换数据库，则需要更新许多测试代码。

夹具是允许您进行一些设置（并可能拆卸）的功能，可以用于多个测试：

@pytest.fixture
def db_connection():
    # Open a temporary database in memory
    db = sqlite3.connect(':memory:')
    # Create a table of test orders to use
    db.execute('CREATE TABLE orders (id, customer, item)')
    db.executemany('INSERT INTO orders (id, customer, item) VALUES (?, ?, ?)',
                   [(1, 'Max', 'Pens'),
                    (2, 'Rachel', 'Binders'),
                    (3, 'Max', 'White out'),
                    (4, 'Alice', 'Highlighters')])
    return db      

def test_get_orders_by_name(db_connection):
    orders = get_orders_by_name(db_connection, 'Max')
    assert orders = [(1, 'Max', 'Pens'),
                     (3, 'Max', 'White out')]

def test_get_orders_by_name_nonexistent(db_connection):
    orders = get_orders_by_name(db_connection, 'John')
    assert orders = []

修正您的密码

好吧，所以在没有背景知识的情况下，让我们深入研究您的代码。

第一个问题是您的@pytest.mark.parametrize装饰器：

@pytest.mark.parametrize("get_fus_output", [test_input_df, test_truth_df, res_path], indirect=True)

这不是使用indirect的正确情况。就像可以对测试进行参数化一样，fixtures can be parameterized也是如此。从文档中来看不是很清楚（我认为），但是indirect只是参数化灯具的另一种方法。与您想要的using a fixture in another fixture完全不同。

实际上，对于get_fus_output使用test_input_df，test_truth_df和res_path固定装置，您根本不需要@pytest.mark.parametrize行。通常，如果测试功能或灯具的其他参数未使用（例如，@pytest.mark.parametrize装饰器没有使用），则会自动假定为灯具。

因此，您现有的@pytest.mark.parametrize并没有达到您的期望。那么，如何设置测试参数？这是一个更大的问题：您正在尝试使用get_fus_output固定装置为test_annotation_match创建参数。 这不是您可以使用固定装置完成的事情。

Pytest运行时， first 首先收集所有测试用例，然后然后逐个运行它们。在收集阶段必须准备好测试参数，但是夹具要等到测试阶段才能运行。固定装置中的代码无法帮助进行参数化。您仍然可以通过编程方式生成参数，但是使用夹具无法实现。

您需要做一些事情：

首先，将get_fus_output从灯具转换为常规函数。这意味着删除@pytest.fixture装饰器，但是您还必须更新它，以免使用test_input_df test_truth_df和res_path固定装置。（如果没有其他东西需要它们作为固定装置，则可以将它们全部转换为常规函数，在这种情况下，您可能希望将它们放在conftest.py之外的它们自己的模块中，或者只是将它们移到相同的测试脚本中。）

然后，@pytest.mark.parametrize需要使用该函数来获取参数列表：

@pytest.mark.parametrize("expected,test", get_fus_output())
def test_annotation_match(expected, test):
    assert_frame_equal(test, expected, check_dtype=False, check_like=True)

Pytest：使用一个夹具参数化单元测试，该夹具使用另一个夹具作为输入

1 个答案:

参数化

固定装置

修正您的密码