Question

我不知道如何解决以下问题。直到今天，我仍在使用以下代码段在Google Colab中安装RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

但是，今天我开始出现以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我尝试使用完整的Anaconda发行版代替Miniconda，并将python版本更改为3.6和3.8，但似乎无济于事。

Answer 1

我认为您在安装Miniconda时需要指定python 3.7（当前的rdkit版本支持python 3.7），最新的Miniconda版本为py3.8：

ObjectA objectA = injector.getInstance(ObjectA.class);
return objectA;

https://colab.research.google.com/drive/1MAZyv3O4-TrI8c1MD4JVmwExDquaprRT?usp=sharing

Answer 2

如果要避免安装Conda，只需提取anaconda软件包

# version 2018 is quite easy
# download & extract
url = 'https://anaconda.org/rdkit/rdkit/2018.09.1.0/download/linux-64/rdkit-2018.09.1.0-py36h71b666b_1.tar.bz2'
!curl -L $url | tar xj lib
# move to python packages directory
!mv lib/python3.6/site-packages/rdkit /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/
x86 = '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'
!mv lib/*.so.* $x86/
# rdkit need libboost_python3.so.1.65.1
!ln -s $x86/libboost_python3-py36.so.1.65.1 $x86/libboost_python3.so.1.65.1

对于最新版本，由于libboost 1.67而更加复杂。因此，我将其放入了kora库中。

!pip install kora -q
import kora.install.rdkit

您将获得2020.03版

Answer 3

我创建了一个 Python 包来简化设置。你可以找到它 here。

它将安装 Miniconda（或任何其他版本）并修补一些使 Colab 变得棘手的东西。

像这样使用它（笔记本中的第一个单元格）：

for (int i = 0; i < names.size(); i++) {
  System.out.println("Blood type of " + names.get(i) + " is " + bloodTypes.get(i));
}

内核将重新启动，然后您将能够使用 !pip install -q condacolab import condacolab condacolab.install() 语法运行 conda 或 mamba：

!shell

检查存储库以获取更多详细信息！

Answer 4

输入Colab对我来说很有效：

!pip install rdkit

在Google Colab中安装RDKit

4 个答案: