Question

我一直试图通过R网状结构运行一些python代码，但没有成功。我尝试创建一个虚拟环境并在其中安装两个软件包：numpy和一个名为scrublet的GitHub软件包。

library(reticulate)
if(!"r-scrublet" %in% virtualenv_list()) {
  virtualenv_create("r-scrublet")
  virtualenv_install("r-scrublet", c("numpy","git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git"))
}
use_virtualenv(virtualenv = "r-scrublet", required = T)

然后，我想激活环境并在其上运行代码。当我运行py_discover_config()时，我得到输出：

python:         C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python.exe
libpython:      C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python36.dll
pythonhome:     C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet
version:        3.6.4 (v3.6.4:d48eceb, Dec 19 2017, 06:54:40) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Lib/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.1

NOTE: Python version was forced by use_python function

这似乎是我想要的。问题是我似乎无法实际使用此环境。如果我测试了天气numpy是否可用（py_numpy_available()），我将无法使用，并且当我尝试任何import语句（对已安装的软件包之一甚至对os之类的东西）时，R崩溃与：

R会话已中止。 R遇到致命错误。会话已终止

我尝试了不同的网状手册（here和here）以及不同的git问题或SO问题，但仍然无法解决。

Answer 1

从您提供的安装路径来看，您似乎正在使用Windows。
如果您参考virtualenv doc：

Windows不支持虚拟环境功能（在Windows上建议使用conda environments）。

尝试：

library(reticulate)
conda_create("r-scrublet")
conda_install(envname="r-scrublet", packages ="numpy","pip","git")

conda_python(envname =  "r-scrublet")

可以从r-scrublet环境根文件夹运行来添加scrublet.git：

Scripts\pip install git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git

或直接从R：

conda_install(envname='r-scrublet','git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git',pip=T)

前提是您应用了此patch。为了避免打补丁，您可以将\r-scrublets\Library\bin添加到系统路径。

为确保代码段的完整性，设置完成后，请指定其使用方式：

use_miniconda("r-scrublet", required=T)
scrub <- import("scrublet")

无法使用reticulate :: use_virtualenv加载软件包

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