Question

发现错误 Error : package ‘stringr’ was installed before R 4.0.0: please re-install it和B iocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

再往前，rstudio给了我

/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found

Answer 1

这对于解决这些错误是一个很长的答案，但是我认为这是必要的，还包括一些提示和技巧（例如，不要立即安装R 4.0.2（2020年7月25日））。这让我非常痛苦，因为我在途中遇到了更多错误。 Error : package ‘stringr’ was installed before R 4.0.0: please re-install it和B iocManager Installation path not writeable, unable to update packages:

我删除了我的主文件夹中的.RData（不可见，使用ls -la），此操作解决了R 4.0.0之前安装错误的问题，但没有解决生物导体问题。我认为如果您仅遇到重新安装错误，它可能会起作用。

经过多次尝试加载我的软件包但仅得到这些错误的尝试之后，我选择重新安装R。在R中，我运行.libpaths并删除了每个目录中的所有文件。然后，我通过从https://www.r-project.org/下载R重新安装了R，并在下载的文件夹./configure --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack make sudo make install中运行了常规编译命令。要使rstudio能够使用R，需要--enable-R-shlib，但其他不需要。

2020年7月25日，我尝试从apt上在ubuntu上进行安装，但是rstudio无法找到libR.so（错误/usr/local/lib/R/lib/libR.so not found）。我尝试使用./configure --enable-R-shlib从源R 4.0.2进行编译，这应该生成libR.so，但这返回了错误。

我认为这是一个潜在的问题，因为使用R 4.0.0从源代码运行./configure --enable-R-shlib进行编译，我得到了文件并打开了Rstudio（请先修复R 4.0.2，然后再修复）。 >

然后我将军了

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")

安装biocmanager，它终于起作用了。

Answer 2

在Linux机器上从R 3.6升级到4.0时，我遇到了类似的问题。我也在回答这个问题，因为这个问题是Google在寻找此问题时给出的第一个结果。事实证明，即使删除R（apt清除），系统中仍然存在一个文件夹，这为以后的安装带来了很多问题。我想链接这里给出的伟大答案并救了我： https://askubuntu.com/questions/1219737/installing-ggplot2-for-r-3-6-on-ubuntu-18-04

在Linux系统中，您应该查看：

$ ls /usr/local/lib/R/site-library

如果该文件夹包含目录列表，则应使用以下命令删除所有内容：

sudo rm -Rf /usr/local/lib/R/site-library

然后重新安装R和所有库。

R 4.0.0之前已安装软件包“ stringr”：请重新安装BiocManager安装路径不可写，无法更新软件包

2 个答案: