Ubuntu升级后运行奇点时出现squashfs错误

时间：2020-07-23 19:05:24

标签： ubuntu-18.04 singularity-container squashfs

概述：

我正在运行Ubuntu 18.04的计算机上以奇异映像处理代码。到星期二晚上为止，它在计算机 A 上正常运行（嗯，我正在调试代码）。我进行了一次更新，从第二天开始，任何尝试运行 any 奇异容器的操作都给了我以下错误：

ERROR  : Failed to mount squashfs image in (read only): Invalid argument
ABORT  : Retval = 255

在确认这不是由于我的代码（通过简单地运行singularity exec <my_image_file>.sif并得到相同的错误）后，我记得我在另一台计算机上的设置几乎相同（ B ） 。我能够在那里毫无问题地运行映像。

不幸的是，我忘记了在该计算机上选择了“无人参与的更新”并重新启动。现在，它返回相同的错误。

我的尝试：

我在这里有点空。我所做的只是让自己确信，它与我的代码没有直接关系，并且几乎可以肯定与更新的某物有关。我对squashf并不太了解，对奇点还比较陌生。我没有在网上找到与此确切错误（“无效参数”部分）相关的任何内容。作为冰雹玛丽，我在机器 A 上重新安装了奇点，并且它没有改变。

我不确信这本身就是一个问题，我使用的是旧版本，因此我认为这不是一个有效的github问题。我使用的是版本2.5.2，因为这是该代码旨在用于群集上的版本。

详细信息

-vv来自奇点的日志（注意：无论我传递的是什么args，反馈都是相同的）：

Increasing verbosity level (4)
Singularity version: 2.5.2-dist
Exec'ing: /usr/local/libexec/singularity/cli/exec.exec
Evaluating args: '<my_image_file>.sif <my_program> <program_arg>'
VERBOSE: Set messagelevel to: 4
VERBOSE: Initialize configuration file: /usr/local/etc/singularity/singularity.conf
VERBOSE: Got config key allow setuid = 'yes'
VERBOSE: Got config key max loop devices = '256'
VERBOSE: Got config key allow pid ns = 'yes'
VERBOSE: Got config key config passwd = 'yes'
VERBOSE: Got config key config group = 'yes'
VERBOSE: Got config key config resolv_conf = 'yes'
VERBOSE: Got config key mount proc = 'yes'
VERBOSE: Got config key mount sys = 'yes'
VERBOSE: Got config key mount dev = 'yes'
VERBOSE: Got config key mount devpts = 'yes'
VERBOSE: Got config key mount home = 'yes'
VERBOSE: Got config key mount tmp = 'yes'
VERBOSE: Got config key mount hostfs = 'no'
VERBOSE: Got config key bind path = '/etc/localtime'
VERBOSE: Got config key bind path = '/etc/hosts'
VERBOSE: Got config key user bind control = 'yes'
VERBOSE: Got config key enable overlay = 'try'
VERBOSE: Got config key mount slave = 'yes'
VERBOSE: Got config key sessiondir max size = '16'
VERBOSE: Got config key allow container squashfs = 'yes'
VERBOSE: Got config key allow container extfs = 'yes'
VERBOSE: Got config key allow container dir = 'yes'
VERBOSE: Initializing Singularity Registry
VERBOSE: Adding value to registry: 'COMMAND' = 'exec'
VERBOSE: Adding value to registry: 'SYSCONFDIR' = '/usr/local/etc'
VERBOSE: Adding value to registry: 'VERSION' = '2.5.2-dist'
VERBOSE: Adding value to registry: 'IMAGE' = '<my_image_file>.sif'
VERBOSE: Adding value to registry: 'MESSAGELEVEL' = '4'
VERBOSE: Adding value to registry: 'BINDIR' = '/usr/local/bin'
VERBOSE: Adding value to registry: 'LOCALSTATEDIR' = '/usr/local/var'
VERBOSE: Adding value to registry: 'LIBEXECDIR' = '/usr/local/libexec'
VERBOSE: Set home (via getpwuid()) to: <my_home_directory>
VERBOSE: Running SUID program workflow
VERBOSE: Checking program has appropriate permissions
VERBOSE: Checking configuration file is properly owned by root
VERBOSE: Checking if singularity.conf allows us to run as suid
VERBOSE: Invoking the user namespace
VERBOSE: Not virtualizing USER namespace: running as SUID
VERBOSE: No autofs bug path in configuration, skipping
VERBOSE: Instantiating read only container image object
VERBOSE: Checking that file pointer is a Singularity image
VERBOSE: File is a valid SquashFS image
VERBOSE: Adding value to registry: 'CLEANUPD_FD' = '-1'
VERBOSE: Not virtualizing IPC namespace on user request
VERBOSE: Not virtualizing PID namespace on user request
VERBOSE: Not virtualizing network namespace on user request
VERBOSE: Using session directory: /usr/local/var/singularity/mnt/session
VERBOSE: Adding value to registry: 'SESSIONDIR' = '/usr/local/var/singularity/mnt/session'
VERBOSE: Found available loop device: /dev/loop18
VERBOSE: Using loop device: /dev/loop18
VERBOSE: Mounting squashfs image: /dev/loop18 -> /usr/local/var/singularity/mnt/container
ERROR  : Failed to mount squashfs image in (read only): Invalid argument
ABORT  : Retval = 255
dpkg.log中的

用于“升级”的grep：

2020-07-23 06:10:36 upgrade evolution-data-server-common:all 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:10:41 upgrade linux-libc-dev:amd64 4.15.0-111.112 4.15.0-112.113
2020-07-23 06:10:46 upgrade python-pil:amd64 5.1.0-1ubuntu0.2 5.1.0-1ubuntu0.3
2020-07-23 06:10:51 upgrade python3-pil:amd64 5.1.0-1ubuntu0.2 5.1.0-1ubuntu0.3
2020-07-23 06:10:56 upgrade python2.7:amd64 2.7.17-1~18.04ubuntu1 2.7.17-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:10:57 upgrade libpython2.7:amd64 2.7.17-1~18.04ubuntu1 2.7.17-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:10:57 upgrade libpython2.7-stdlib:amd64 2.7.17-1~18.04ubuntu1 2.7.17-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:10:58 upgrade python2.7-minimal:amd64 2.7.17-1~18.04ubuntu1 2.7.17-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:10:58 upgrade libpython2.7-minimal:amd64 2.7.17-1~18.04ubuntu1 2.7.17-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:06 upgrade python3.6-venv:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:06 upgrade python3.6-dev:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:06 upgrade libpython3.6-dev:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:11 upgrade libpython3.6:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:11 upgrade python3.6:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:11 upgrade libpython3.6-stdlib:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:12 upgrade python3.6-minimal:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:12 upgrade libpython3.6-minimal:amd64 3.6.9-1~18.04ubuntu1 3.6.9-1~18.04ubuntu1.1
2020-07-23 06:11:29 upgrade linux-generic-hwe-18.04:amd64 5.3.0.62.115 5.4.0.42.46~18.04.35
2020-07-23 06:11:29 upgrade linux-image-generic-hwe-18.04:amd64 5.3.0.62.115 5.4.0.42.46~18.04.35
2020-07-23 06:11:41 upgrade linux-headers-generic-hwe-18.04:amd64 5.3.0.62.115 5.4.0.42.46~18.04.35
2020-07-23 06:12:37 upgrade evolution-data-server:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:37 upgrade libebook-1.2-19:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:38 upgrade libedata-book-1.2-25:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:38 upgrade libedata-cal-1.2-28:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:38 upgrade libebook-contacts-1.2-2:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:38 upgrade libebackend-1.2-10:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:38 upgrade libecal-1.2-19:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:38 upgrade libedataserver-1.2-23:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:39 upgrade libcamel-1.2-61:amd64 3.28.5-0ubuntu0.18.04.2 3.28.5-0ubuntu0.18.04.3
2020-07-23 06:12:44 upgrade libavformat-dev:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:44 upgrade libavcodec-dev:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:45 upgrade libswresample-dev:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:45 upgrade libswresample2:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:45 upgrade libswscale-dev:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:45 upgrade libswscale4:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:46 upgrade libavresample-dev:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:46 upgrade libavresample3:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:46 upgrade libavutil-dev:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:46 upgrade libavutil55:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:46 upgrade libavcodec57:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:47 upgrade libavformat57:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:52 upgrade libpostproc54:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:12:57 upgrade libavfilter6:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:13:02 upgrade libavdevice57:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2
2020-07-23 06:13:06 upgrade ffmpeg:amd64 7:3.4.6-0ubuntu0.18.04.1 7:3.4.8-0ubuntu0.2

该映像是通过Docker映像构建的，其中包含一些额外的步骤。我没有提供任何相关信息，因为行为似乎并不取决于我何时构建图像。

2 个答案:

答案 0 :(得分：1)

我遇到了这个确切的问题，我设法在Ubuntu 18.04的2.6.1版中解决了这个问题（尽管我认为2.5.2中的解决方案对您来说并没有太大不同）。

首先要声明一个小小的免责声明：我现在仅使用Linux两周，所以，如果对任何条款感到困惑，抱歉。我是新来的；）

要采取的步骤

  1. 如果需要，请卸载早期版本的Singularity。

    2. 通过打开终端并运行以下命令，

  2. 下载正确的奇点版本的tarbell：

    VERSION = 2.6.1

    wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/$VERSION/singularity-$VERSION.tar.gz

    tar xvf奇异性-$ VERSION.tar.gz

  3. 现在，应该有一个名为singularity-2.6.1的文件夹（对我来说，它位于Home中）。然后打开放在/singularity-2.6.1/src/lib/image/squashfs/mount.c中的文件mount.c（我不确定v2.5.2是否相同，但是我认为变化不大。虽然我们可能不走运）

  4. 在此文件中找到代码行

    if（singularity_mount（loop_dev，mount_point，“ squashfs”，MS_NOSUID | MS_RDONLY | MS_NODEV，“ errors = remount-ro”）<0）

    将此更改为

    if（singularity_mount（loop_dev，mount_point，“ squashfs”，MS_NOSUID | MS_RDONLY | MS_NODEV，“”）<0）

    别忘了保存！

  5. 返回到终端以通过运行命令从编辑的安装文件中安装奇点软件

    cd奇异性-$ VERSION

    ./ configure --prefix = / usr / local

    制作

    sudo make install

对我来说，问题现在已解决！

问题原理

显然，squashfs中存在一个错误，因此，如果不知道该参数，它将直接忽略参数。在今年早些时候解决此问题后，遇到无效参数时就开始出现错误，就像我们的情况一样。 （也在此处https://www.mail-archive.com/debian-kernel@lists.debian.org/msg117435.html中进行了说明） 因此，删除未知参数“ errors = remount-ro”解决了该问题。

由于我确实是100％的新用户，所以我不确定它是否会在其他地方引起任何新的错误。但是，这也是在以后的奇点（https://github.com/hpcng/singularity/pull/4802/files/3f3136be150d9a8f63e58a0b4e39dc8487f1c0dc）版本中基本上解决了此错误的方式。

希望有帮助！

答案 1 :(得分：0)

谢谢。我按照您的步骤进行了工作。 但是，我对步骤“ make”有疑问。它没有用，因为我没有安装“ libarchive-dev”。要修复它，我做了

  1. sudo apt-get更新-y
  2. sudo apt-get install -y libarchive-dev

然后在新的终端机中

  1. 奇异外壳-p $ HOME / Downloads / hrwros-09.simg

现在可以正常工作了。

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