Logistic glmer的sjplot :: plot_model中的轴限制和比例的特定操作，通常保留plot_model输出

Question

很抱歉，如果这是重复的帖子，我看过一些类似的帖子，但没有找到我想要的确切解决方案。

我将glmer模型拟合为以下形式的一些反应时间数据：

Range("1:1").Select
        Selection.Find(What:="eventdate", After:=ActiveCell, LookIn:=xlFormulas2, LookAt _
            :=xlPart, SearchOrder:=xlByRows, SearchDirection:=xlNext, MatchCase:= _
            False, SearchFormat:=False).Select
        Range(Selection.Offset(1, 0), Selection.Offset(1048570, 0).End(xlUp)).Select
        Set rng = Selection
        For Each eventdateCell In rng
            eventdateCell.NumberFormat = "@"
            eventdateCell.Value = WorksheetFunction.Text(eventdateCell.Value, "yyyy-mm-dd")
        Next eventdateCell

其中：m19 <- glmer(response ~ trial_z*stim + cond + (1 + stim | subj_idx), na.action = na.exclude, data = gng, family = "binomial", control = glmerControl(optCtrl = list(maxfun = 50000))) 是标准执行/不执行任务上的二进制（正确响应，错误响应）。

我想使用response函数绘制固定效果的比值，但似乎无法使事情看起来很正确。

我想为模型中的固定效果绘制这些几率：

sjplot::plot_model

如下所示：

library(broom.mixed)
tidy(m19,conf.int=TRUE,exponentiate=TRUE,effects="fixed")

以下sjplot调用将产生以下绘图对象：

# A tibble: 7 x 8
  effect term              estimate std.error statistic  p.value  conf.low conf.high
  <chr>  <chr>                <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>     <dbl>     <dbl>
1 fixed  (Intercept)      414.      123.          20.2  6.98e-91 231.       742.    
2 fixed  trial_z            0.697     0.0751      -3.35 7.97e- 4   0.564      0.860 
3 fixed  stimNoGo           0.00925   0.00257    -16.9  6.80e-64   0.00537    0.0159
4 fixed  condThreeGo        1.48      0.151        3.82 1.32e- 4   1.21       1.80  
5 fixed  condFiveGo         1.69      0.174        5.07 4.08e- 7   1.38       2.06  
6 fixed  condSevenGo        1.51      0.151        4.07 4.73e- 5   1.24       1.83  
7 fixed  trial_z:stimNoGo   1.30      0.149        2.28 2.25e- 2   1.04       1.63  

所以我尝试在调用中编辑axis.limits：

gg <- plot_model(m19, type="std", show.p=TRUE, ci.lvl=.95, dot.size=5, 
                 line.size=2, vline.color = "black", axis.lim=c(.001, 2.25)) + 
  theme_bw(base_size=24) +
  theme(panel.grid.major.y=element_blank()) +
  ggtitle("") + 
  ylab("Odds Ratio")
plot(gg)

有点恼人的是，将第二个串联的axis.lim元素碰撞到1到10之间的任何值都会产生我的尝试1，但是随后超过10的任何东西都会将图中的限制限制为100（不确定为什么是这样）

因此，我尝试根据其他帖子来事后编辑轴：

gg2 <- plot_model(m19, type="std", show.p=TRUE, ci.lvl=.95, dot.size=5, 
                  line.size=2, vline.color = "black", axis.lim=c(.001, 11)) + 
  theme_bw(base_size=24) +
  theme(panel.grid.major.y=element_blank()) +
  ggtitle("") + 
  ylab("Odds Ratio")

plot(gg2)

我的问题：

我想要的情节有点像尝试2和尝试3的组合。

在2中，我喜欢在1之上和之下的缩放比例不同，并且1（相等几率）具有特殊表示法，表明与1重叠的CI表示无效效果。如果我想要的不在gg + ylim(.001, 2.25) 的能力范围内，那么我会停留在如何使轴位于该1标记右侧以更像尝试3中的刻度的方式上，从而消除了关于和反对，并在所有y值上将比例尺设置为统一（而且，一开始这肯定令人困惑，因为我要管理用户在x轴上看到的内容。我假设某个地方有一个plot_model()调用在功能中...）。

如果我可以进一步说明lmk。感谢您的输入！

Answer 1

我认为这可能有效：

gg + scale_y_log10(limits = c(0.001, 2.25))

示例：

library(sjPlot)
library(ggplot2)
model <- glm(vs ~ mpg + cyl, data = mtcars, family = "binomial")
p <- plot_model(model)
p + scale_y_log10(limits = c(0.001, 2.5))
#> Scale for 'y' is already present. Adding another scale for 'y', which will
#> replace the existing scale.

^{由reprex package（v0.3.0）于2020-06-27创建}