Question

我正在编写一个分子动力学代码，需要使用3个函数计算3种不同类型的力，即Compute2BodyForce，Compute3BodyForce和ComputeOtherForce。由于这些函数是相互独立的，我想在3个不同的内核上分别计算每个函数，这样做的正确方法如下：

funList = {@Compute2BodyForce,@Compute3BodyForce,@ComputeOtherForce};

dataList = {data1,data2,data3}; %# or pass file names 

parfor i=1:length(funList)

    %# call the function

    funList{i}(dataList{i});

end

其次，如何巩固结果并将它们加在一起，即得到TotalForce = 2BodyForce + 3BodyForce + OtherForce？

Answer 1

你走在正确的轨道上。但是，据我所知，你不能在parfor中使用匿名函数（如果我错了，或者只在早期版本中这是真的，我的道歉）。此外，您还需要一行打开matlab池，并告知工作节点您打算在并行部分中使用的内容。这是我开始解决这个问题的方法：

fileDep = {'Compute2BodyForce',...
'Compute3BodyForce',...
'ComputeOtherForce'};     

num_procs = 3;

matlabpool('open','Mycluster',num_procs,'FileDependencies',fileDep);

parfor iter = 1:3

% iter is passed to the functions so the functions can return NaNs when we don't want computation done
   body_2_dummy{iter} = Compute2BodyForce(data,iter); %assuming data is a variable here, maybe a struct that gets parsed inside the functions

   body_3_dummy{iter} = Compute3BodyForce(data,iter);

   other_dummy{iter} = ComputeOtherForce(data,iter);

end

% resolve and sum up here

total_force = body_2_dummy{1} + body_3_dummy{2} + other_dummy{3};

请注意，除了body_2_dummy {1}，body_3_dummy {2}和other_dummy {3}之外，这些函数的值应该返回NaN。这在Matlab中遇到了令人沮丧的事情。大多数语言编写代码的典型方法如下：

parfor iter = 1:3
   if iter == 1
      body_2_dummy = Compute2Body(data);
   end
% more ifs for the other forces
end

我们有责任确保body_2_dummy具有明确的价值。但是在Matlab中，这个责任属于解释器，它不允许这样做，因为它认为body_2_dummy取决于执行的顺序。

我希望这会让你走上正确的道路。如果有任何其他问题，请随时回来。

此外，作为一般性建议，通常要简化功能并尝试降低成本，而不是并行化功能。你有没有花时间在Matlab Profiler中使用force函数？

- 安德鲁

后续编辑：

匿名函数就是你这样做的时候：

spam = @(x) x + 2;

spam(2)

   ans = 4

这里，垃圾邮件是一种匿名功能。您可以通过传递函数句柄@spam。

将函数传递给另一个函数

我在并行计算工具箱方面的经验主要与Sbiotoolbox结合使用。在这个工具箱中，生物模型是对象，可以通过句柄引用以基于旧版本的Matlab手柄图形的方式传递。但问题是句柄与模型分离，并发生一系列相当混乱的错误。因此，在使用Matlab的并行功能时，我会避免使用句柄进行所有引用。

但我必须承认，我没有测试过匿名函数是否可用，因为有一些关于本地和远程Matlab工作者的进一步细节给出了严格的答案。目前我无法轻松访问远程Matlab集群，因此必须将其放在项目列表中。

Matlab分析器是Matlab附带的工具。它允许您输入一个函数并测量每行代码所花费的时间，以便您可以突出显示需要重新构建代码以加快速度。它特别擅长发现错误，比如数组在循环中改变大小，从而消耗掉Matlab的性能。

我建议您在Matlab帮助中搜索“profiler”。文档非常好，比我可以放在这里的任何内容都要完整。

祝你好运。

在MATLAB上并行编程，同时执行3个不同的功能

1 个答案: