有没有一种方法可以将绘图图形从pixstem库保存到文件夹中(Python)

时间:2020-05-28 08:49:40

标签: python matplotlib

我是一名大学生,仍在尝试着解决编码问题,如果我理解迟钝,请您道歉。对于帮助研究生和教授的项目,我们正在使用Pixstem库来分析电子显微镜文件中的衍射图。我们想出了如何在给定范围内处理和分离每个衍射图,但是在绘制每个图时遇到了问题。供参考,每个文件中有数千个模式。另一个小组建议我们将图保存到文件夹中,而不是仅输出图。不管天气是否会解决错误,我们仍然需要找到一种方法以任何方式保存地块。我了解Pixstem使用matplotlib和hyperspy库。我尝试使用.figsave()等。这是使用的代码

for i in range(10):
for j in range(10):

    #processing the diffraction pattern
    s = hs.signals.Signal2D(im.inav[i,j])
    imarray = np.array(s)
    k = ps.PixelatedSTEM(s)
    st = k.template_match_disk(disk_r=5, lazy_result=True, show_progressbar=False)
    peak_array = st.find_peaks(lazy_result=False, show_progressbar=False)
    s_rem = k.subtract_diffraction_background(lazy_result=False, show_progressbar=False)
    peak_array_rem_com = s_rem.peak_position_refinement_com(peak_array, lazy_result=False, show_progressbar=False)
    s_rem.add_peak_array_as_markers(peak_array_rem_com)
    #this is where I would do s_rem.plot()
    #instead I want to just avoid plotting and just
    #go straight to saving

为了参考,这里是我正在使用的所有库

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import pixstem.api as ps
from PIL import Image
import hyperspy.api as hs
import csv
import os

%matplotlib

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