我正在使用conda设置的虚拟环境中工作。我想做的是打开一个新的Jupyter笔记本,并使用此虚拟环境在笔记本中工作。但是,我认为我的虚拟环境中缺少某种必需的软件包。
从终端(当前使用OSX 10.13.6)启动Jupyter笔记本时,我可以在屏幕右上方的“新建”按钮中看到使用Python(虚拟环境)打开新笔记本的选项。
当我使用Python(virtualEnvironment)打开一个新笔记本时,一切看起来都很好,因此我尝试在第一个单元格中运行以下命令:
import numpy as np
我在Jupyter中收到以下错误消息作为弹出窗口:
Kernal restarting: The kernel appears to have died. It will restart automatically.
我知道Jupyter笔记本的某些方面正在运行,因为我可以在第一个单元格中运行以下命令,没问题:
from IPython.display import display, Math
display(Math('\\text{This is latex formatting:} \\quad x + 2y = 3j + 4'))
有人对导致内核死亡的原因有任何想法吗?
这是虚拟环境中的所有软件包:
# packages in environment at /opt/anaconda3/envs/virtualEnvironment:
#
# Name Version Build Channel
appnope 0.1.0 py37_0
attrs 19.3.0 py_0 conda-forge
backcall 0.1.0 py37_0
blas 1.0 mkl
bleach 3.1.5 pyh9f0ad1d_0 conda-forge
brotlipy 0.7.0 py37h9bfed18_1000 conda-forge
ca-certificates 2020.4.5.1 hecc5488_0 conda-forge
certifi 2020.4.5.1 py37hc8dfbb8_0 conda-forge
cffi 1.14.0 py37h356ff06_0 conda-forge
chardet 3.0.4 py37hc8dfbb8_1006 conda-forge
cryptography 2.9.2 py37he655712_0 conda-forge
decorator 4.4.2 py_0
defusedxml 0.6.0 py_0 conda-forge
entrypoints 0.3 py37_0
idna 2.9 py_1 conda-forge
importlib-metadata 1.6.0 py37hc8dfbb8_0 conda-forge
importlib_metadata 1.6.0 0 conda-forge
intel-openmp 2019.4 233
ipykernel 5.1.4 py37h39e3cac_0
ipython 7.13.0 py37h5ca1d4c_0
ipython_genutils 0.2.0 py37_0
jedi 0.17.0 py37_0
jinja2 2.11.2 pyh9f0ad1d_0 conda-forge
json5 0.9.0 py_0 conda-forge
jsonschema 3.2.0 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
jupyter_client 6.1.3 py_0
jupyter_core 4.6.3 py37_0
jupyterlab 2.1.2 py_0 conda-forge
jupyterlab_server 1.1.1 py_0 conda-forge
libcxx 4.0.1 hcfea43d_1
libcxxabi 4.0.1 hcfea43d_1
libedit 3.1.20181209 hb402a30_0
libffi 3.2.1 h6de7cb9_1006 conda-forge
libgfortran 3.0.1 h93005f0_2
libsodium 1.0.16 h3efe00b_0
markupsafe 1.1.1 py37h9bfed18_1 conda-forge
mistune 0.8.4 py37h9bfed18_1001 conda-forge
mkl 2019.4 233
mkl-service 2.3.0 py37hfbe908c_0
mkl_fft 1.0.15 py37h5e564d8_0
mkl_random 1.1.0 py37ha771720_0
nbconvert 5.6.1 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
nbformat 5.0.6 py_0 conda-forge
ncurses 6.2 h0a44026_1
notebook 6.0.3 py37_0 conda-forge
numpy 1.18.1 py37h7241aed_0
numpy-base 1.18.1 py37h6575580_1
openssl 1.1.1g h0b31af3_0 conda-forge
packaging 20.1 py_0 conda-forge
pandas 1.0.3 py37h6c726b0_0
pandoc 2.9.2.1 0 conda-forge
pandocfilters 1.4.2 py_1 conda-forge
parso 0.7.0 py_0
patsy 0.5.1 py37_0
pexpect 4.8.0 py37_0
pickleshare 0.7.5 py37_0
pip 20.0.2 py37_1
prometheus_client 0.7.1 py_0 conda-forge
prompt-toolkit 3.0.4 py_0
prompt_toolkit 3.0.4 0
ptyprocess 0.6.0 py37_0
pycparser 2.20 py_0 conda-forge
pygments 2.6.1 py_0
pyopenssl 19.1.0 py_1 conda-forge
pyparsing 2.4.7 pyh9f0ad1d_0 conda-forge
pyrsistent 0.16.0 py37h9bfed18_0 conda-forge
pysocks 1.7.1 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
python 3.7.7 hc70fcce_0_cpython
python-dateutil 2.8.1 py_0
python_abi 3.7 1_cp37m conda-forge
pytz 2020.1 py_0
pyzmq 18.1.1 py37h0a44026_0
readline 8.0 h1de35cc_0
requests 2.23.0 pyh8c360ce_2 conda-forge
scipy 1.2.1 py37h1410ff5_0
send2trash 1.5.0 py_0 conda-forge
setuptools 46.1.3 py37_0
six 1.14.0 py37_0
sqlite 3.31.1 h5c1f38d_1
statsmodels 0.11.0 py37h1de35cc_0
terminado 0.8.3 py37hc8dfbb8_1 conda-forge
testpath 0.4.4 py_0 conda-forge
tk 8.6.8 ha441bb4_0
tornado 6.0.4 py37h1de35cc_1
traitlets 4.3.3 py37_0
urllib3 1.25.9 py_0 conda-forge
wcwidth 0.1.9 py_0
webencodings 0.5.1 py_1 conda-forge
wheel 0.34.2 py37_0
xz 5.2.5 h1de35cc_0
zeromq 4.3.1 h0a44026_3
zipp 3.1.0 py_0 conda-forge
zlib 1.2.11 h1de35cc_3
我以前尝试使用以下问题的答案来解决此问题:Conda environments not showing up in Jupyter Notebook。我无法弄清楚当前情况是什么问题。
其他可能有价值的信息:如果我在正常环境中启动新的Jupyter笔记本,numpy导入就可以了。这是我第一次遇到内核快死的问题。我以前从未像这样从头开始构建虚拟环境。我通过终端通过conda安装了ipython,ipykernel和jupyter。我使用pip安装了statsmodels。也许使用点子是我的错误?
这可能是PATH问题吗?我以前下载过Anaconda的GUI版本。当我提示终端时
echo $PATH
这些路径已打印:
/Users/RZ/anaconda3/bin:
/opt/anaconda3/condabin:
/usr/local/bin:
/usr/bin:
/bin:
/usr/sbin:
/sbin:
/usr/texbin:
/opt/X11/bin:
/usr/local/git/bin
最近我执行了以下操作:
当我跑步时:
jupyter nbextension list
我将其作为输出
Known nbextensions:
config dir: /Users/Rentazilla/anaconda3/etc/jupyter/nbconfig
tree section
nb_conda/tree disabled
这是问题吗?可能nb_conda / tree被错误地禁用。根据Jupyter笔记本github(https://github.com/jupyter/notebook/issues/1716)上的至少一个链接,应禁用nbextension列表和serverextension。
5/14/20
好吧,因此,在经过数小时的尝试一百万种不同的尝试之后,我想出了一个可行的解决方案,但我认为它不是很好。
不确定昨天该怎么办,我决定卸载并重新安装conda。我使用了https://docs.anaconda.com/anaconda/install/uninstall/中详细介绍的完整方法 并卸载了所有anaconda3文件夹,并使用最新的miniconda安装程序重新安装了conda。
然后我创建了一个新的conda环境:
conda create -n py3 ipykernel ipython jupyter_client jupyter_core traitlets ipython_genutils
接下来,我在基本环境中安装了nb_conda_kernels
。然后,我继续在py3
环境中安装numpy,sympy,matplotlib,统计信息模型和jupyter_lab。
我注意到jupyter仍然将某些旧环境视为内核;我需要摆脱它们。目前,我仅保留基本环境和py3
环境
我注意到jupyter的内核使用了错误的路径,所以我改变了它
这不能解决问题。我在基本和py3环境下将python的等级降至3.7.7。那也没有解决问题。所以我尝试使用终端在python中运行一些基本命令。我发现运行import numpy
导致python崩溃,并给出了输出Illegal Instruction: 4
。一些在线搜索将我带到了该页面:
我决定也尝试降级numpy:conda install -n py3 numpy=1.17
我决定通过包含以下脚本的Terminal使用python测试名为test1.py的文件:
num = int(input("Enter a number: "))
import numpy as np
print(num)
import sys
print(sys.version)
我根据上一个链接中的答案将其复制下来。这样就好了。运行方式:
python -u -m trace -t test1.py
但是终端中的信息流却很荒谬。
将numpy降级到1.18.5可以解决该问题,至少目前是这样。
答案 0 :(得分:1)
jupyter笔记本github问题建议卸载jupyter并重新安装:https://github.com/jupyter/notebook/issues/1892#issuecomment-260403964
关于在jupyter中使用多个conda环境,这是我通常要做的事情:
nb_conda_kernels
conda install -n base nb_conda_kernels
ipykernel
conda install -n ENVNAME ipykernel
在使用conda环境时,最好尽可能使用conda install
。 statsmodels在conda
中可用,因此您应该conda install
。