导入numpy时,为什么我的jupyter内核在虚拟环境中运行失败?

时间:2020-05-11 19:30:19

标签: python jupyter-notebook ipython jupyter conda

我正在使用conda设置的虚拟环境中工作。我想做的是打开一个新的Jupyter笔记本,并使用此虚拟环境在笔记本中工作。但是,我认为我的虚拟环境中缺少某种必需的软件包。

从终端(当前使用OSX 10.13.6)启动Jupyter笔记本时,我可以在屏幕右上方的“新建”按钮中看到使用Python(虚拟环境)打开新笔记本的选项。

当我使用Python(virtualEnvironment)打开一个新笔记本时,一切看起来都很好,因此我尝试在第一个单元格中运行以下命令:

import numpy as np

我在Jupyter中收到以下错误消息作为弹出窗口:

Kernal restarting: The kernel appears to have died. It will restart automatically.

我知道Jupyter笔记本的某些方面正在运行,因为我可以在第一个单元格中运行以下命令,没问题:

from IPython.display import display, Math

display(Math('\\text{This is latex formatting:} \\quad x + 2y = 3j + 4'))

有人对导致内核死亡的原因有任何想法吗?

这是虚拟环境中的所有软件包:

# packages in environment at /opt/anaconda3/envs/virtualEnvironment:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
appnope                   0.1.0                    py37_0  
attrs                     19.3.0                     py_0    conda-forge
backcall                  0.1.0                    py37_0  
blas                      1.0                         mkl  
bleach                    3.1.5              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
brotlipy                  0.7.0           py37h9bfed18_1000    conda-forge
ca-certificates           2020.4.5.1           hecc5488_0    conda-forge
certifi                   2020.4.5.1       py37hc8dfbb8_0    conda-forge
cffi                      1.14.0           py37h356ff06_0    conda-forge
chardet                   3.0.4           py37hc8dfbb8_1006    conda-forge
cryptography              2.9.2            py37he655712_0    conda-forge
decorator                 4.4.2                      py_0  
defusedxml                0.6.0                      py_0    conda-forge
entrypoints               0.3                      py37_0  
idna                      2.9                        py_1    conda-forge
importlib-metadata        1.6.0            py37hc8dfbb8_0    conda-forge
importlib_metadata        1.6.0                         0    conda-forge
intel-openmp              2019.4                      233  
ipykernel                 5.1.4            py37h39e3cac_0  
ipython                   7.13.0           py37h5ca1d4c_0  
ipython_genutils          0.2.0                    py37_0  
jedi                      0.17.0                   py37_0  
jinja2                    2.11.2             pyh9f0ad1d_0    conda-forge
json5                     0.9.0                      py_0    conda-forge
jsonschema                3.2.0            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
jupyter_client            6.1.3                      py_0  
jupyter_core              4.6.3                    py37_0  
jupyterlab                2.1.2                      py_0    conda-forge
jupyterlab_server         1.1.1                      py_0    conda-forge
libcxx                    4.0.1                hcfea43d_1  
libcxxabi                 4.0.1                hcfea43d_1  
libedit                   3.1.20181209         hb402a30_0  
libffi                    3.2.1             h6de7cb9_1006    conda-forge
libgfortran               3.0.1                h93005f0_2  
libsodium                 1.0.16               h3efe00b_0  
markupsafe                1.1.1            py37h9bfed18_1    conda-forge
mistune                   0.8.4           py37h9bfed18_1001    conda-forge
mkl                       2019.4                      233  
mkl-service               2.3.0            py37hfbe908c_0  
mkl_fft                   1.0.15           py37h5e564d8_0  
mkl_random                1.1.0            py37ha771720_0  
nbconvert                 5.6.1            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
nbformat                  5.0.6                      py_0    conda-forge
ncurses                   6.2                  h0a44026_1  
notebook                  6.0.3                    py37_0    conda-forge
numpy                     1.18.1           py37h7241aed_0  
numpy-base                1.18.1           py37h6575580_1  
openssl                   1.1.1g               h0b31af3_0    conda-forge
packaging                 20.1                       py_0    conda-forge
pandas                    1.0.3            py37h6c726b0_0  
pandoc                    2.9.2.1                       0    conda-forge
pandocfilters             1.4.2                      py_1    conda-forge
parso                     0.7.0                      py_0  
patsy                     0.5.1                    py37_0  
pexpect                   4.8.0                    py37_0  
pickleshare               0.7.5                    py37_0  
pip                       20.0.2                   py37_1  
prometheus_client         0.7.1                      py_0    conda-forge
prompt-toolkit            3.0.4                      py_0  
prompt_toolkit            3.0.4                         0  
ptyprocess                0.6.0                    py37_0  
pycparser                 2.20                       py_0    conda-forge
pygments                  2.6.1                      py_0  
pyopenssl                 19.1.0                     py_1    conda-forge
pyparsing                 2.4.7              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
pyrsistent                0.16.0           py37h9bfed18_0    conda-forge
pysocks                   1.7.1            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
python                    3.7.7           hc70fcce_0_cpython  
python-dateutil           2.8.1                      py_0  
python_abi                3.7                     1_cp37m    conda-forge
pytz                      2020.1                     py_0  
pyzmq                     18.1.1           py37h0a44026_0  
readline                  8.0                  h1de35cc_0  
requests                  2.23.0             pyh8c360ce_2    conda-forge
scipy                     1.2.1            py37h1410ff5_0  
send2trash                1.5.0                      py_0    conda-forge
setuptools                46.1.3                   py37_0  
six                       1.14.0                   py37_0  
sqlite                    3.31.1               h5c1f38d_1  
statsmodels               0.11.0           py37h1de35cc_0  
terminado                 0.8.3            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
testpath                  0.4.4                      py_0    conda-forge
tk                        8.6.8                ha441bb4_0  
tornado                   6.0.4            py37h1de35cc_1  
traitlets                 4.3.3                    py37_0  
urllib3                   1.25.9                     py_0    conda-forge
wcwidth                   0.1.9                      py_0  
webencodings              0.5.1                      py_1    conda-forge
wheel                     0.34.2                   py37_0  
xz                        5.2.5                h1de35cc_0  
zeromq                    4.3.1                h0a44026_3  
zipp                      3.1.0                      py_0    conda-forge
zlib                      1.2.11               h1de35cc_3  

我以前尝试使用以下问题的答案来解决此问题:Conda environments not showing up in Jupyter Notebook。我无法弄清楚当前情况是什么问题。

其他可能有价值的信息:如果我在正常环境中启动新的Jupyter笔记本,numpy导入就可以了。这是我第一次遇到内核快死的问题。我以前从未像这样从头开始构建虚拟环境。我通过终端通过conda安装了ipython,ipykernel和jupyter。我使用pip安装了statsmodels。也许使用点子是我的错误?


这可能是PATH问题吗?我以前下载过Anaconda的GUI版本。当我提示终端时

echo $PATH

这些路径已打印:

/Users/RZ/anaconda3/bin:
/opt/anaconda3/condabin:
/usr/local/bin:
/usr/bin:
/bin:
/usr/sbin:
/sbin:
/usr/texbin:
/opt/X11/bin:
/usr/local/git/bin

最近我执行了以下操作:

当我跑步时: jupyter nbextension list

我将其作为输出

Known nbextensions:
  config dir: /Users/Rentazilla/anaconda3/etc/jupyter/nbconfig
    tree section
      nb_conda/tree disabled

这是问题吗?可能nb_conda / tree被错误地禁用。根据Jupyter笔记本github(https://github.com/jupyter/notebook/issues/1716)上的至少一个链接,应禁用nbextension列表和serverextension。

5/14/20

好吧,因此,在经过数小时的尝试一百万种不同的尝试之后,我想出了一个可行的解决方案,但我认为它不是很好。

不确定昨天该怎么办,我决定卸载并重新安装conda。我使用了https://docs.anaconda.com/anaconda/install/uninstall/中详细介绍的完整方法 并卸载了所有anaconda3文件夹,并使用最新的miniconda安装程序重新安装了conda。

然后我创建了一个新的conda环境:

conda create -n py3 ipykernel ipython jupyter_client jupyter_core traitlets ipython_genutils

接下来,我在基本环境中安装了nb_conda_kernels。然后,我继续在py3环境中安装numpy,sympy,matplotlib,统计信息模型和jupyter_lab。

我注意到jupyter仍然将某些旧环境视为内核;我需要摆脱它们。目前,我仅保留基本环境和py3环境

我注意到jupyter的内核使用了错误的路径,所以我改变了它

这不能解决问题。我在基本和py3环境下将python的等级降至3.7.7。那也没有解决问题。所以我尝试使用终端在python中运行一些基本命令。我发现运行import numpy导致python崩溃,并给出了输出Illegal Instruction: 4。一些在线搜索将我带到了该页面:

https://apple.stackexchange.com/questions/387935/python-quit-working-and-now-i-get-illegal-instruction-4-message

我决定也尝试降级numpy:conda install -n py3 numpy=1.17

我决定通过包含以下脚本的Terminal使用python测试名为test1.py的文件:

num = int(input("Enter a number: "))
import numpy as np
print(num)
import sys
print(sys.version)

我根据上一个链接中的答案将其复制下来。这样就好了。运行方式:

python -u -m trace -t test1.py

但是终端中的信息流却很荒谬。

将numpy降级到1.18.5可以解决该问题,至少目前是这样。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

jupyter笔记本github问题建议卸载jupyter并重新安装:https://github.com/jupyter/notebook/issues/1892#issuecomment-260403964

关于在jupyter中使用多个conda环境,这是我通常要做的事情:

  1. 在基本环境中安装nb_conda_kernels
    • conda install -n base nb_conda_kernels
  2. 在应在jupyter中访问的任何conda环境中安装ipykernel
    • conda install -n ENVNAME ipykernel

在使用conda环境时,最好尽可能使用conda install。 statsmodels在conda中可用,因此您应该conda install