使用相对系统丰富度绘制重要的德州

时间:2020-04-22 17:09:32

标签: vegan ggbiplot phyloseq

作为phyloseq对象,我有一个相对丰富的位置,有人可以建议我在使用此步骤之后,使用素食主义者或ggbiplot如何绘制带有箭头的双子图(CCA或RDA)?

physeq <- phyloseq(OTU, TAX, samples)
colnames(tax_table(physeq))= c("Kingdom","Phylum","Class","Order","Family","Genus", "Species")
rank_names(physeq)
nsamples(physeq)
ntaxa(physeq)
physeq2Phylum=tax_glom(physeq,"Phylum",NArm=TRUE)
physeq2PhylumR = transform_sample_counts(physeq2Phylum, function(x) x / sum(x))

非常感谢

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