标记医学图像

Question

我想从我的医疗数据中提取基本事实。我正在寻找一个可以帮助您解决此问题的程序。我想做的如下。 我想选择一个特定区域并将其设置为白色，而在其他区域将其设置为黑色。这样我就会掌握事实真相。图片中有示例。注意：我没有基本事实，只有原始图像，没有基本事实。我需要从原始图像中绘制并提取该区域... enter image description here谢谢您的帮助。

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Answer 1

让我们将您的图像分为两个组成部分，首先是image.png：

第二，mask.png：

现在，您只需在终端中使用 ImageMagick ，而无需编写任何代码。您有两种选择。您可以：

• 使结果中蒙版的黑色部分透明，或者
• 在结果中将蒙版的黑色部分变黑。

首先让它们透明，所以我们有效地将蒙版复制到图像中并将其视为alpha /透明层：

magick image.png mask.png -compose copyalpha -composite result.png

现在，通过选择原始图像的较暗处和每个像素位置处的遮罩，将它们设为黑色，因此采用darken混合模式：

magick image.png mask.png -compose darken -composite result.png

请注意，如果您使用第一种技术，则显示为透明的原始信息仍保留在图像中并且可以检索-因此，请勿使用此技术隐藏机密信息。

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如果要通过Python与PIL一起使用透明方法，可以执行以下操作：

from PIL import Image

# Read image and mask as PIL Images
im = Image.open('image.png').convert('RGB')
ma = Image.open('mask.png').convert('L')

# Merge in mask as alpha channel and save
im.putalpha(ma)
im.save('result.png')

或者，使用 OpenCV 和 Numpy 的透明方法：

import cv2
import numpy as np

# Open image and mask as NMumoy arrays
im = cv2.imread('image.png')
ma = cv2.imread('mask.png', cv2.IMREAD_GRAYSCALE) 

# Merge mask in as alpha channel and save
res = np.dstack((im,ma))
cv2.imwrite('result.png', res)

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如果要对Python和PIL / Pillow使用blacken方法，请使用：

from PIL import Image, ImageChops

# Read image and mask as PIL Images
im = Image.open('image.png').convert('RGB')
ma = Image.open('mask.png').convert('RGB')

# Choose darker image at each pixel location and save
res = ImageChops.darker(im, ma)
res.save('result.png')

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如果要对 OpenCV 和Numpy使用blacken方法，请使用上面的代码，但将np.dstack()行替换为：

res = np.minimum(im, ma[...,np.newaxis])

Answer 2

我强烈推荐ITK - SNAP来完成此任务。您可以使用某些标签来手动标记输入图像（在示例中为1标记为前景，0标记为背景），并非常舒适地导出groundtruth。