安装R软件包-HPC群集

时间:2020-03-08 09:35:45

标签: r linux installation hpc

我正在尝试在HPC群集上的帐户上安装一些R软件包。但是,当我这样做时,出现以下错误:

no permission to install to directory '/gpfs1/apps/sw/R/R-3.6.1/lib64/R/library' 

我已经联系了管理员,他告诉我我需要管理员特权才能将任何东西安装到/gpfs1/apps/sw/。他告诉我,我宁愿在主目录中执行该操作。

如何切换到帐户的主目录?管理员已经在我的帐户上安装了其他R软件包,但我需要自己安装一些R软件包吗?我如何知道我的R软件包在主目录中的位置以及如何在其中安装所有内容?

.libPaths()

的输出
"/gpfs1/apps/sw/R/R-3.6.1/lib64/R/library"

更新

使用以下tutorial,现在我可以使用以下命令在群集的主目录中安装R软件包:

export R_LIBS_USER=/home/rcf-proj/tt/trojan/R/parallel:$R_LIBS_USER

将上面的路径添加到.libPaths()。但是,在运行R脚本时,它始终引用原始位置/gpfs1/apps/sw/R/R-3.6.1/lib64/R/library,在该位置我没有在HOME目录中安装的软件包。特别是在重新启动R之后,必须始终执行此命令。

在答案here中,他们建议我编辑.Rprofile文件中的 .libPaths(),但是似乎无法在群集帐户中找到它。仍然有同样的问题here

我已经读过我们自己动手创建.Rprofile的地方,但是我该怎么做以及我必须在里面放些什么呢?

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