Question

我从我的大学获得了集群帐户，并在linux集群中安装了R 2.13.0（redhat 2.6.18-128.el5），但我无法安装r软件包。我尝试了以下代码

install.packages('plyr')我选择了CRAN镜像为1.然后我得到了以下信息。

警告：无法访问存储库的索引 http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib警告信息：1：In open.connection（con，＆＃34; r＆＃34;）：无法解析＆＃39; cran.r-project.org＆＃39; 2：在getDependencies（pkgs，dependencies，available，lib）：package 'plyr'不可用（对于R版本2.13.0）

现在我创建了一个本地lib并尝试了

mkdir ~/R_libs
install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/")

警告：无法访问存储库的索引 http://cran.r-project.org/src/contrib警告信息：In getDependencies（pkgs，dependencies，available，lib）：package 'lattice'不可用（对于R版本2.13.0）

我下载了包，并上传到群集中。是否有可能安装？

我没有任何sudoers权限（管理员权限）。集群有32个节点。

修改我将car_2.1-0.zip上传到集群并尝试了以下代码。

R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs

但我得到了如下所示的回复

rawToChar中的错误（块[seq_len（ns）]）：字符串中嵌入的nul：＆＃39; PK \ 003 \ 004 \ n \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ xef3ZG \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 004 \ 0 \ 0 \ 0car / PK \ 003 \ 004 \ 024 \ 0 \ 002 \ 0 \ b \ 0 \ xe03ZGn \的Xaa \ XF3 \ x90Q \ 001 \ 0 \ 0 \ XA2 \ 002 \ 0 \ 0 \˚F\ 0 \ 0 \ 0car /现有\ x9dR \ xc1j \ 0021 \ 020 = W \ XF0 \ 037 \ X86 = \固定的\ X82 \ XEC \ XD6 \ 036 \ X85 \ 036 \ xb6b）E＆＃39;

有没有办法克服这个？感谢

Answer 1

非常感谢您提供我的问题的详细信息作为评论。让我在这里总结所有这些信息。

不要向您的系统管理员求助，最好遵循以下程序

步骤1：从以下链接下载最新版本的R：https://cran.r-project.org/sources.html(i已下载R-3.2.2）

第2步：将其上传到您的群集中（我在Windows 8.1中使用WinSCP）

步骤3：使用以下命令tar -xf R-x.y.z.tar.gz

将其解压缩

在我的情况下是tar -xf R-3.2.2.tar.gz

步骤4：使用代码cd R-3.2.2

转到该目录

第5步：输入./configure或./configure --enable-R-shlib＆amp;＆amp;使

步骤6：完成配置后，键入make

步骤7：然后通过make check

检查构建的系统是否正常工作

享受!!!

Answer 2

module load R

（说这是集群上的R，所以现在它在你的路径上，你可以输入R输入它）

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

（你仍然在Linux命令行上，而不是在R中）

（现在你输入R）

install.packages("packagename")

干得好，它会将软件包安装到HOME / apps / R

library(packagename)

（尝试并看到它有效）

如何在Linux集群中安装R软件包

2 个答案: