Question

我需要使用BiomaRt，最好是3.1版本中的版本。请参阅：http://www.ensembl.info/blog/2015/06/01/biomart-or-how-to-access-the-ensembl-data-from-r/

我尝试按照前面提到的页面中的安装说明在基于Linux的服务器中运行程序。另外，我尝试了这个：http://www.bioconductor.org/install/#install-R，但是，除非获得root权限，否则他们不会工作。我使用这种方法https://linuxishbell.wordpress.com/2010/12/10/install-r-package-without-root-accesson-linux/加载了其他包，但它们似乎不适合我的情况。什么是最值得推荐的事情？我在互联网上搜索过，但在这种情况下，Bioconductor团队和用户提供的建议很少。

Answer 1

解决方案

最简单的方法是安装R from source：

$ wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
$ tar xvf R-3.1.1.tar.gz
$ cd R-3.1.1
$ ./configure --prefix=$HOME/R
$ make && make install

倒数第二步是至关重要的一步。它将R配置为安装在您自己主目录的子目录中。

要在Linux和类似系统上运行它，请将$HOME/R/bin添加到PATH。然后，R和Rscript等命令将起作用。

在OS X上，由于OS X打包的工作方式，bin目录隐藏在$HOME/R/R.framework/Versions/Current/Resources中。

如果您不希望将R及其所有依赖项隐藏在其自己的子目录中，则可以改为--prefix=$HOME。如果您使用的是Linux并且$HOME/bin已经PATH，那么这样做可以避免编辑PATH。缺点是它会使以后的卸载变得更加困难，因为R会在你的其他$HOME内容中混合使用。

这种通用模式适用于您可以从源代码安装的大量Unix软件。如果软件有configure脚本，它可能理解--prefix选项，如果没有，通常会有一些替代效果相同。

出于多种原因，这些功能很常见。您的案例 - 无法让root将软件安装到典型位置，以便安装到$HOME - 实际上是此类功能最不常见的用途之一。以下是一些更常见的用例：

情况可能会指定比标准默认值（/usr/local）更好的位置，例如/usr，/opt/$PKGNAME等。
二进制包构建系统（RPM，DEB，PKG，Cygport ...）通常会将包构建并安装到一个特殊的临时目录中，然后将其打包，使其扩展到所需的安装位置

查看这些链接

https://unix.stackexchange.com/questions/149451/install-r-in-my-own-directory http://onertipaday.blogspot.be/2008/04/r-installing-on-unixlinux-no-root.html

否则

您可以使用虚拟设备，通过虚拟根访问虚拟安装应用程序

Answer 2

您无需从头开始安装R来安装没有root权限的软件包。试试这个：

module load R

（说这是集群上的R，所以现在它在你的路径上，你可以输入R输入它）

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

（你仍然在Linux命令行上，而不是在R中）

（现在你输入R）

install.packages("packagename")

干得好，它会将软件包安装到HOME / apps / R

library(packagename)

（尝试并看到它有效）

如何在没有root权限的情况下安装Bioconductor软件包？

2 个答案: