我是R的新手。现在我有一个函数如下:
funItemAverRating = function()
{
itemRatingNum = array(0, itemNum);
print("begin");
apply(input, 1, function(x)
{
itemId = x[2]+1;
itemAverRating[itemId] <<- itemAverRating[itemId] + x[3];
itemRatingNum[itemId] <<- itemRatingNum[itemId] + 1;
}
);
}
在此函数中,输入是n*3
数据框,n
是~6*(10e+7)
,itemRatingNum
是大小为~3*(10e+5)
的向量。
我的问题是为什么apply
功能如此缓慢(完成需要将近一个小时)?此外,随着函数的运行,它会使用越来越多的内存。但正如您所看到的,变量都是在apply
函数之外定义的。有人能帮助我吗?
成
答案 0 :(得分:7)
这很慢,因为你多次调用高级R函数。
您必须向量化您的函数,这意味着应该对所有数据向量计算大多数操作(如<-
或+1
)。
例如,我认为itemRatingNum
保持input[[2]]
的频率(input
data.frame
的第二列)可以替换为:
tb <- table(input[[2]]+1)
itemRatingNum[as.integer(names(tb))] <- tb
答案 1 :(得分:7)
不要那样做。你遵循一个完全不像R的逻辑。如果我理解正确,您希望从某个输入数据框中的第三列添加某个itemAverRating
向量的值。
itemRatingNum
正在做什么,相当模糊。它不会在全局环境中结束,它只是在循环结束时变成一个充满频率的向量。当您在函数中定义itemRatingNum时,<<-
赋值也将在函数的本地环境中分配它,并且当函数结束时它将被销毁。
接下来,你应该给你的功能输入,并得到一些输出。如果没有必要,永远不要分配到全球环境。你的函数相当于 - 相当快一点 - 跟随函数,它接受输入并给出输出:
funItemAverRating = function(x,input){
sums <- rowsum(input[,3],input[,2])
sumid <- as.numeric(rownames(sums))+1
x[sumid]+c(sums)
}
按照马克思评论编辑的功能
其中的作用如下:
# make data
itemNum <- 10
set.seed(12)
input <- data.frame(
a1 = rep(1:10,itemNum),
a2 = sample(9:0,itemNum*10,TRUE),
a3 = rep(10:1,itemNum)
)
itemAverRating <- array(0, itemNum)
itemAverRating <- funItemAverRating(itemAverRating,input)
itemAverRating
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
39 65 57 36 62 33 98 62 60 38
如果我尝试你的代码,我会得到:
> funItemAverRating()
[1] "begin"
...
> itemAverRating
[1] 39 65 57 36 62 33 98 62 60 38
哪个是一样的。如果你想要itemRatingNum,那么就这样做:
> itemRatingNum <- table(input[,2])
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
6 11 11 8 10 6 18 9 13 8