请帮助！
我有以下数据框（名为Final_APOL1）。我需要生成一个汇总表，如所示的第二个数据框。一旦生成，是否可以将其另存为单独的输出csv，并将其保存到同一目录？
汇总表贯穿风险等位基因计数变量，并将其归类，以便可以为每个突变计算种群频率。
"no APOL1 Risk Alleles" = ifelse(`Final genotype of APOL1` == "G0/G0", 1, NA),
"1 APOL1 Risk Alleles" =
ifelse(`Final genotype of APOL1` %in% c("G0/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{G+}/G0"), 1, NA),
"2 APOL1 Risk Alleles" =
ifelse(`Final genotype of APOL1` %in% c("G1^{GM}/G1^{GM}", "G1^{GM}/G2", "G2/G2"), 1, NA))
G1^{GM}/G2 and G1^{G+}/G2 = G1/G2 for Summary_table
G1^{GM}/G1^{GM} = G1/G1 for Summary_table
G1^{GM}/G0 and G1^{G+}/G0 = G1/G0 for Summary_table
G2/G2 = G2/G2 for Summary_table
G0/G2 = G0/G2 for Summary_table
structure(list(Well = structure(1:96, .Label = c("A01", "A02",
"A03", "A04", "A05", "A06", "A07", "A08", "A09", "A10", "A11",
"A12", "B01", "B02", "B03", "B04", "B05", "B06", "B07", "B08",
"B09", "B10", "B11", "B12", "C01", "C02", "C03", "C04", "C05",
"C06", "C07", "C08", "C09", "C10", "C11", "C12", "D01", "D02",
"D03", "D04", "D05", "D06", "D07", "D08", "D09", "D10", "D11",
"D12", "E01", "E02", "E03", "E04", "E05", "E06", "E07", "E08",
"E09", "E10", "E11", "E12", "F01", "F02", "F03", "F04", "F05",
"F06", "F07", "F08", "F09", "F10", "F11", "F12", "G01", "G02",
"G03", "G04", "G05", "G06", "G07", "G08", "G09", "G10", "G11",
"G12", "H01", "H02", "H03", "H04", "H05", "H06", "H07", "H08",
"H09", "H10", "H11", "H12"), class = "factor"), G1_1_1 = c("Blank",
"Blank", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+",
"+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "Blank", "Blank", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "Blank",
"Blank", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}",
"G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}",
"Blank", "Blank", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}",
"G1^{S342G}", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}",
"G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}",
"+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}",
"G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}",
"G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}"), G1_1_2 = c("Blank", "Blank",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}", "G1^{S342G}", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{S342G}",
"G1^{S342G}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"
), G1_2_1 = c("Blank", "Blank", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}",
"G1^{I384M}", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "Blank",
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}",
"+", "+", "Blank", "Blank", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}",
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}",
"G1^{I384M}", "Blank", "Blank", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}",
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}",
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}",
"G1^{I384M}", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+",
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}",
"G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}"), G1_2_2 = c("Blank",
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank",
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank",
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank",
"Blank", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "G1^{I384M}", "G1^{I384M}", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"), G2_1 = c("Blank", "Blank",
"+", "+", "+", "+", "G2", "G2", "+", "+", "G2", "G2", "Blank",
"Blank", "+", "+", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+",
"Blank", "Blank", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "Blank", "Blank", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "G2", "G2", "G2",
"G2", "G2", "G2", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "G2", "G2", "+", "+", "+", "+", "G2", "G2", "+", "+", "+",
"+", "+", "+"), G2_2 = c("Blank", "Blank", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "Blank", "Blank", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
"+", "+", "+", "+", "+"), `Final genotype of APOL1` = c("NA",
"NA", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G2",
"G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G2", "NA", "NA", "G0/G0",
"G0/G0", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0",
"G0/G0", "G0/G0", "NA", "NA", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G0",
"G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0",
"G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "NA", "NA", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G2",
"G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G0",
"G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G2", "G1^{GM}/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G0",
"G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G1^{GM}", "G1^{GM}/G1^{GM}",
"G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G0/G0", "G0/G0",
NA, "G0/G0", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2", "G0/G2",
"G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0",
"G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G2", "G0/G2", "G1^{GM}/G1^{GM}",
"G1^{GM}/G1^{GM}", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0", "G0/G2", "G0/G2",
"G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G0/G0", "G1^{GM}/G0", "G1^{GM}/G0"
), `no APOL1 Risk Alleles` = c(NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, 1,
1, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, 1,
1, NA, NA, 1, 1, NA, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1,
1, NA, NA), `1 APOL1 Risk Alleles` = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, 1, 1, NA,
NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, NA, NA, 1, 1, NA, NA,
1, 1, NA, NA, 1, 1, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1,
NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, NA, 1,
1), `2 APOL1 Risk Alleles` = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1,
NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1,
1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1, 1, NA, NA, NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), Sample_Flag = c(FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, TRUE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE,
FALSE, FALSE, FALSE)), row.names = c(NA, -96L), class = "data.frame")
structure(list(X__1 = c("Total number", "Percentage", "G1/G1 %",
"G2/G2 %", "G1/G2 %", "G0/G1 %", "G0/G2 %"), `no APOL1 Risk Alleles` = c(29,
33.33, NA, NA, NA, NA, NA), `1 APOL1 Risk Alleles` = c(46, 52.88,
NA, NA, NA, 27.59, 25.29), `2 APOL1 Risk Alleles` = c(12, 13.79,
4.6, NA, 9.19, NA, NA), `Total Number` = c(87, NA, NA, NA, NA,
NA, NA)), row.names = c(NA, -7L), class = c("tbl_df", "tbl",
"data.frame"))
答案 0 :(得分：0)
我通常不喜欢框架本身内的存储行摘要（例如，总数），因为任何后续行摘要都将包含该数字；我以为这纯粹是为了美学，所以包括它并不可怕
library(dplyr)
tmp1 <- as_tibble(Final_APOL_1) %>%
# discard G* fields, they seem unnecessary?
select(-starts_with("G")) %>%
# remove an reference to NA or the literal string "NA", they seem distracting?
filter(
!is.na(`Final genotype of APOL1`),
`Final genotype of APOL1` != "NA"
) %>%
mutate(
`X__1` = case_when(
`Final genotype of APOL1` %in% c("G1^{GM}/G2", "G1^{G+}/G2") ~ "G1/G2",
`Final genotype of APOL1` == "G1^{GM}/G1^{GM}" ~ "G1/G1",
`Final genotype of APOL1` %in% c("G1^{GM}/G0", "G1^{G+}/G0") ~ "G1/G0",
TRUE ~ `Final genotype of APOL1`
)
) %>%
select(-Well, -`Final genotype of APOL1`, -Sample_Flag) %>%
group_by(X__1) %>%
summarize_all(~ sum(.))
totals <- tmp1 %>%
summarize_at(vars(-X__1), ~ sum(., na.rm = TRUE)) %>%
mutate(
`Total Number` = sum(.),
X__1 = "Total number"
)
percents <- totals %>%
mutate_at(vars(-X__1, -`Total Number`), ~ 100 * . / `Total Number`) %>%
mutate(
`Total Number` = NA_real_,
X__1 = "Percentage"
)
最终步骤和输出：
tmp1 %>%
mutate_at(vars(-X__1), ~ 100 * . / totals$`Total Number`) %>%
bind_rows(., totals, percents)
# # A tibble: 7 x 5
# X__1 `no APOL1 Risk Allele~ `1 APOL1 Risk Allele~ `2 APOL1 Risk Allele~ `Total Number`
# <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
# 1 G0/G0 33.3 NA NA NA
# 2 G0/G2 NA 25.3 NA NA
# 3 G1/G0 NA 27.6 NA NA
# 4 G1/G1 NA NA 4.60 NA
# 5 G1/G2 NA NA 9.20 NA
# 6 Total number 29 46 12 87
# 7 Percentage 33.3 52.9 13.8 NA