用含义替换数据文件中的本体代码

Question

我是使用 R 的新手。我遇到了一个问题，我在收集数据时使用本体代码（ICD-10，NCBITaxon和CHEBI）。

我的数据格式较长：

   ID    Disease  Organism        Antibiotic 
1  654   N18.0    NCBITaxon:1280  CHEBI:8232 
2 1122   C92.0    NCBITaxon:28037 CHEBI:43968 

如何用相应的含义替换编码的本体？

Answer 1

我不是专家，所以我不知道我的建议是否有用。 R是一个大社区，因此有很多创建软件包的计划。我指导的两个软件包可能会对您有所帮助。我认为，要想获得更有用的帮助，您应该自己进行搜索，当您遇到足够准确的问题时，我们可以回答。目前，我可以给您的唯一建议是上面的软件包：

install.packages('icd')

library('icd')
library(magrittr)

有关更多帮助，请查看their。

对于分类单元，请查看this：

install.packages( "taxize")
library(taxize)
genbank2uid(id = 1280)
genbank2uid(id = 28037)

让Chebi看看here。

希望对您有帮助。