转换itk（nifti图像）到vtk

Question

我想将nifti文件转换为.vtk，我使用了此python代码

import itk
import vtk

读取输入文件

input_filename = ‘/home/nour/Bureau/244seg_pve_2.nii.gz’
PixelType = itk.ctype(‘float’)
Dimension = 3
ImageType = itk.Image[PixelType, Dimension]
reader = itk.ImageFileReader[ImageType].New()
reader.SetFileName(input_filename)
reader.Update()

细分

thresholdFilter = itk.ThresholdImageFilter[ImageType].New()
thresholdFilter.SetInput(reader.GetOutput())
thresholdFilter.ThresholdBelow(0)
thresholdFilter.SetOutsideValue(0)
thresholdFilter.Update()

itktovitk

itkToVtkFilter = itk.ImageToVTKImageFilter[ImageType].New()
itkToVtkFilter.SetInput(thresholdFilter.GetOutput())
myvtkImageData = itkToVtkFilter.GetOutput()
itkToVtkFilter.Update()

生成等值面

contour=vtk.vtkMarchingCubes()
contour.SetInputData(itkToVtkFilter.GetOutput())
contour.ComputeNormalsOn()
#contour.Update()

当我使用itkToVtkFilter.Update（）运行它时：分割错误（核心已转储） 但是当我在没有itkToVtkFilter.Update（）的情况下运行它时：vtkMarchingCubes（0x4d03f80）：必须定义轮廓标量