我正在尝试用一个自制的FASTA文件(只是一个带有DNA序列的文本文件)编写一个函数,最小和最大分子量返回总分子量为在规定的最小和最大分子量之间。此列表不一定包含FASTA文件的所有序列,而仅包含最小和最大之间的序列。
例如每个序列都有其分子量,序列1
的权重+序列2
的权重为876.9
,加上序列3
的权重将得到1154.8
,添加序列4
将得到1362.8
如果最小权重为900
,最大权重为1200
,则序列1
,2
和3
将在最终列表中。
我知道如何制作FASTA文件以及如何定义分子量,而不是如何获得所需的功能和列表:
with open('DNA.fasta') as file:
for line in file:
weight = molecular_weight(line, sep_type=None,
double_stranded=False, circular = False, monoisotopic = False)
if 1000 < sum(weight) < 2000:
continue
else:
stop
print(sum(weight))
谢谢!