总分子量介于所选的最小和最大分子量之间的DNA序列列表

时间:2019-12-12 12:56:29

标签: python fasta

我正在尝试用一个自制的FASTA文件(只是一个带有DNA序列的文本文件)编写一个函数,最小和最大分子量返回总分子量为在规定的最小和最大分子量之间。此列表不一定包含FASTA文件的所有序列,而仅包含最小和最大之间的序列。

例如每个序列都有其分子量,序列1的权重+序列2的权重为876.9,加上序列3的权重将得到1154.8 ,添加序列4将得到1362.8 如果最小权重为900,最大权重为1200,则序列123将在最终列表中。

我知道如何制作FASTA文件以及如何定义分子量,而不是如何获得所需的功能和列表:

with open('DNA.fasta') as file:
     for line in file:
         weight = molecular_weight(line, sep_type=None, 
                  double_stranded=False, circular = False, monoisotopic = False)
         if 1000 < sum(weight) < 2000:
             continue
         else:
             stop
print(sum(weight))

谢谢!

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