如何确定DNA序列列表中已知基序之间的平均距离

Question

所以有我的问题：我正在搜索序列中已知主题之间的平均距离，并将其扩展到序列列表......第一部分完成，第二部分（扩展到序列列表） ）是有问题的！所以，这就是我在做第一部分的方式：

source("motifOccurrence.R") #https://www.r-bloggers.com/calculate-the-average-distance-between-a-given-dna-motif-within-dna-sequences-in-r/
library("seqinr")
df <- readDNAStringSet("X.fasta")
df2 <- df[[1]]
motif <- c("T", "C", "C", "A")
coord <- coordMotif(df2, motif)
motidist <- computeDistance(coord)
motidist

[1] 152

似乎我的fasta列表的第一个序列在两个TCCA基序之间的平均距离为152个核苷酸。并且，我不知道如何将自动化到我在df中的所有列表......

感谢提前帮助。

凯文

Answer 1

这是未经测试的，但应该有效。 sapply＆＃34;攀登＆＃34;每个列表元素（我们也可以在这里使用lapply。）

sapply(df, FUN = function(x, motif) {
  computeDistance(coordMotif(x, motif))
}, motif = motif)

结果将是一个向量。如果您想将其保留为列表，请使用sapply(..., simplify = FALSE)。 lapply没有简化。将这两种行为视为一种便利。 ：）