Question

试图计算具有固定gc含量（10％，20％，30％，...，90％）的随机RNA序列的平均转录本长度

def bias_rna(gc_content):
    rna = 'AUG'
    stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']
    while rna[-3:] not in stop_codon:
        for _ in range(3):
            rna += random.choice(('A'+'U')*(100-(gc_content))+('C'+'G')*(gc_content))
    return rna


for numb in [range(10,91,10)]:
    rna2_list = []
    for _ in range(1001):
        rna2_list.append(bias_rna(numb))
    rna2_len = []
    for s in rna2_list:
        rna2_len.append(len(s))
    print ('Average random rna length with  cg: %.2f' % (sum(rna_len)/(len(rna_len))))

然而，该计划没有工作......建议？

Answer 1

我做了一些小修改，虽然我不知道关于DNA的事情，但似乎有效：

import random

def bias_rna(gc_content):
    rna = 'AUG'
    stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']
    while rna[-3:] not in stop_codon:
        for _ in range(3):
            rna += random.choice(('A'+'U')*(100-(gc_content))+('C'+'G')*(gc_content))
    return rna


for numb in range(10,91,10):
    rna2_list = []
    for _ in range(1001):
        rna2_list.append(bias_rna(numb))
    rna2_len = []
    for s in rna2_list:
        rna2_len.append(len(s))
    print ('Average random rna length with  cg: %.2f' % (sum(rna2_len)/(len(rna2_len))))

基本上，你需要

导入random
删除range(10,91,10)周围的括号（这导致您循环遍历包含单个range对象的列表，而不是范围本身的内容）
将最后一行的变量rna_len重命名为rna2_len，

在行动here中查看。

计算具有固定gc含量的随机RNA序列的平均转录本长度

1 个答案: