给定日期范围和相应的ID,查找日期重叠的ID组

时间:2019-12-06 00:48:37

标签: r datetime overlap overlapping-matches

我有一个带有dateRanges和相应ID的表。我想根据ID的开始/结束范围是否与另一个ID的日期范围重叠来对ID进行分组。如果一个ID的日期范围部分或完全在另一个ID的日期范围内,则它们应属于同一组。我想添加一列指示此分组的列,以及该组中最小和最大日期给定的开始/结束日期。

数据:

"ID"    "start" "end"
1   2018-10-02  2019-01-15
2   2019-01-13  2019-02-01
3   2018-10-01  2018-11-01
4   2018-10-05  2018-10-06
5   2019-09-09  2019-10-08
6   2019-02-06  2019-04-07
7   2019-03-24  2019-04-17
8   2019-03-21  2019-04-14
9   2019-03-27  2019-04-16
10  2019-04-30  2019-05-08

理想的结果:

"ID"    "start" "end"   "group_ID"  "group_start"   "group_end"
1   2018-10-02  2019-01-15  1   2018-10-01  2019-02-01
2   2019-01-13  2019-02-01  1   2018-10-01  2019-02-01
3   2018-10-01  2018-11-01  1   2018-10-01  2019-02-01
4   2018-10-05  2018-10-06  1   2018-10-01  2019-02-01
5   2019-09-09  2019-10-08  2   2019-09-09  2019-10-08
6   2019-02-06  2019-04-07  3   2019-02-06  2019-05-08
7   2019-03-24  2019-04-17  3   2019-02-06  2019-05-08
8   2019-03-21  2019-04-14  3   2019-02-06  2019-05-08
9   2019-03-27  2019-04-16  3   2019-02-06  2019-05-08
10  2019-04-30  2019-05-08  3   2019-02-06  2019-05-08

我一直在想的可能是创建ID矩阵(即-行和列,范围从ID 1到ID 10),并填充每个单元格以了解给定ID交集的日期范围是否重叠。此后,然后将其分为几组并找到给定组的最小/最大值,但这似乎真的很复杂。必须有一个更简单的解决方案,不涉及查看矩阵的边缘以创建簇。

.csv的编辑格式:

ID,start,end
1,2018-10-02,2019-01-15
2,2019-01-13,2019-02-01
3,2018-10-01,2018-11-01
4,2018-10-05,2018-10-06
5,2019-09-09,2019-10-08
6,2019-02-06,2019-04-07
7,2019-03-24,2019-04-17
8,2019-03-21,2019-04-14
9,2019-03-27,2019-04-16
10,2019-04-30,2019-05-08

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

这里是一个选项:

setorder(DT, start, end)
DT[order(start, end), g := cumsum(start > shift(cummax(as.integer(end)), fill=0L))][,
    c("gstart","gend") := .(min(start), max(end)), g]    

输出:

    ID      start        end g     gstart       gend
 1:  1 2018-10-02 2019-01-15 1 2018-10-01 2019-02-01
 2:  2 2019-01-13 2019-02-01 1 2018-10-01 2019-02-01
 3:  3 2018-10-01 2018-11-01 1 2018-10-01 2019-02-01
 4:  4 2018-10-05 2018-10-06 1 2018-10-01 2019-02-01
 5:  5 2019-09-09 2019-10-08 4 2019-09-09 2019-10-08
 6:  6 2019-02-06 2019-04-07 2 2019-02-06 2019-04-17
 7:  7 2019-03-24 2019-04-17 2 2019-02-06 2019-04-17
 8:  8 2019-03-21 2019-04-14 2 2019-02-06 2019-04-17
 9:  9 2019-03-27 2019-04-16 2 2019-02-06 2019-04-17
10: 10 2019-04-30 2019-05-08 3 2019-04-30 2019-05-08

数据:

library(data.table)
DT <- fread("ID,start,end
1,2018-10-02,2019-01-15
2,2019-01-13,2019-02-01
3,2018-10-01,2018-11-01
4,2018-10-05,2018-10-06
5,2019-09-09,2019-10-08
6,2019-02-06,2019-04-07
7,2019-03-24,2019-04-17
8,2019-03-21,2019-04-14
9,2019-03-27,2019-04-16
10,2019-04-30,2019-05-08")
cols <- c("start", "end")
DT[, (cols) := lapply(.SD, as.IDate, format="%Y-%m-%d"), .SDcols=cols]

参考: How to flatten / merge overlapping time periods