eval（inp，data，env）中的错误：找不到对象“数据库”

Question

我在R中编写了以下函数

Plots <- function (database, variable) {
   fit <- survfit(Surv(database$Months) ~ variable, data = database)
   ggsurvplot(fit, data = database, pval = TRUE)
   surv_pvalue(fit, data = database)
}

当我这样称呼它Plots（DB，DB $ variable）时，出现以下错误：

 Error in eval(inp, data, env) : object 'database' not found

起初，我认为传递变量存在问题，但是当我只保留第一行时：

Plots <- function (database, variable) {
    fit <- survfit(Surv(database$Months) ~ variable, data = database)
}

效果很好。 当我只用print（database）替换它时，它也起作用。 因此，我认为该对象在首次使用后会以某种方式被删除或类似的东西。

有人遇到过这个吗？ 任何想法都很棒：）

谢谢！

Answer 1

您是正确的，该问题来自ggsurvplot。快速检查一下，我认为在github中报告了类似的问题。 ggsurvplot尝试在您提供的数据上使用此公式Surv(database$Months) ~ variable，但在函数ggsurvplot()中，您的数据不称为数据库。好吧，我希望它不要太混乱。

一种解决方法是将独立变量（yvar）和因变量（xvar）定义为字符串，然后将公式提供给feed：

Plots <- function (database, yvar,xvar) {
   FORMULA = as.formula(paste("Surv(",yvar,") ~ ",xvar))
   fit <- survfit(FORMULA, data = database)
fit$call$formula = FORMULA
list(
   plot= ggsurvplot(fit, data=database,pval = TRUE),
   p = surv_pvalue(fit, data = database)
)
}

Plots(lung,"time","ph.ecog")

$plot

$p
  variable        pval   method   pval.txt
1  ph.ecog 0.004561623 Log-rank p = 0.0046