使用Cenboxplot {NADA}时出错:“ y”中的NA / NaN / Inf

时间:2019-11-21 12:22:37

标签: r boxplot na

我正在尝试将功能cenboxplot (NADA package in R)用于以ppm为单位的一组物质的测量浓度数据,其中许多测量值均低于limit of detection (LOD)limit of quantification (LOQ)。超过LODLOQ的测量值仅略高于这些限制。

我的数据(df)如下:7种治疗(A-G),每种治疗4次测量。

'data.frame':   28 obs. of  3 variables:
 $ Treatment       : Factor w/ 7 levels "G","F","E","D",..: 7 7 7 7 6 6 6 6 5 5 ...
 $ ppm             : num  0.52 0.72 0.58 0.53 0.079 0.19 0.071 0.13 0.02 0.02 ...
 $ ppm_Cen         : logi  FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...

   Treatment          ppm          ppm_Cen
1          A        0.520            FALSE
2          A        0.720            FALSE
3          A        0.580            FALSE
4          A        0.530            FALSE
7          B        0.079            FALSE
8          B        0.191            FALSE
9          B        0.071            FALSE
10         B        0.130            FALSE
13         C        0.020             TRUE
14         C        0.020             TRUE
15         C        0.020             TRUE
16         C        0.032            FALSE
19         D        0.005             TRUE
20         D        0.005             TRUE
21         D        0.020             TRUE
22         D        0.005             TRUE
25         E        0.000            FALSE
26         E        0.000            FALSE
27         E        0.000            FALSE
28         E        0.000            FALSE
31         F        0.000            FALSE
32         F        0.000            FALSE
33         F        0.000            FALSE
34         F        0.000            FALSE
37         G        0.000            FALSE
38         G        0.005             TRUE
39         G        0.000            FALSE
40         G        0.000            FALSE

要创建cenboxplot,我使用了代码:

with(df, cenboxplot(ppm, ppm_Cen, Treatment))

这将返回错误:

Error in lm.fit(x, y, offset = offset, singular.ok = singular.ok, ...) : 
  NA/NaN/Inf in 'y'

我不确定为什么会这样。

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