P值/排列检验

Question

我正在尝试通过置换测试比较两种方法。我想知道到目前为止我所做的是否正确。另外，我不确定应该如何计算p值。非常感谢您的提前帮助。

我在R中编写以下函数，以计算网络中两组节点之间的连通性：

Cdiff <-function(data){
  net <- EBICglasso(cor_auto(data), nrow(data))
  a <- sum(abs(net[-c(15:20),-c(15:20)]))/2
  b <-sum(abs(net[-c(1:14, 21:24),-c(1:14, 21:24)]))/2
  c <-sum(abs(net))/2
  d  <- a+b
  diff <- c-d
  return(diff)}

然后，我编写以下代码进行排列测试，以计算来自两个网络的两个值之间的差异：

x1<-net1
x2<-net2
nobs1 <- nrow(x1)
nobs2 <- nrow(x2)
dataall <- rbind(x1, x2)
Nsim=1000
diFF = vector(length=Nsim)
for(i in 1:Nsim){
  b <- 1:(nobs1 + nobs2)
  s <- sample(1:(nobs1 + nobs2), nobs1, replace = FALSE)
  x1perm <- dataall[s, ]
  x2perm <- dataall[b[-s], ]
  diFF[i] = Cdiff(x1perm) - Cdiff(x2perm)
}

在这里，我计算观察到的差异：

diff1 <- Cdiff(x1)  
diff2 <- Cdiff(x2)
observed.statistic <- diff1 - diff2