P值有效性

Question

我已经对DNA甲基化数据进行了统计分析，我已经写了我的报告，但是我的顾问拒绝了，因为他希望我在论文中做一些修改。

我无法回答的一个问题，因为我并不真正理解它与p值有关。

在分析期间，我使用我在R中编写的代码进行了排列测试，其中样本被洗牌1000次，并计算p值。但是我的教授问我＆＃34;如何知道p值的有效性。什么是错误模型？＆＃34;

我无法回复，因为我不知道他的真正含义，但我最近在阅读有关排列测试的内容，但还无法得到答案。

有人可以帮我理解这个问题吗？

Answer 1

只要指定了null，置换测试始终有效。也就是说，你的case和control样本都是null下的iid。为了验证这一点，您可以在一些经验无效模型下查看您的DNA甲基化数据（例如，计算两个对照组的p值，两者都没有任何甲基化）。在零值下，p值应该是均匀分布的，这可以通过查看QQ图来确认。但我也建议直接询问你的教授他的意思。