Question

在我的RHEL服务器上，我没有管理员权限，但是可以创建Conda环境。我想创建一个运行R的Conda环境以及Intel MKL（Intel®Math Kernel Library）。

我用 R_defaults.yml 创建环境，运行 $> conda env create --file R_defaults.yml ：

name: R_defaults
channels:
  - defaults
  - conda-forge
dependencies:
  - pkgs/r::r-essentials=3.6.0=r36_0

激活环境，启动R和sessionInfo（），我发现未使用MKL：

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
Running under: Red Hat Enterprise Linux Server 7.7 (Maipo)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/geiringe/miniconda3/envs/R_r/lib/R/lib/libRblas.so

Microsoft R Open（https://mran.microsoft.com/download）可以与MKL一起安装。

Anaconda似乎已经改变了对Microsoft R Open的看法。在2018年6月，它已成为Anaconda发行版（https://www.anaconda.com/introducing-microsoft-r-open-as-default-r-for-anaconda-distribution/）的默认R。现在他们希望我们从Microsoft R Open迁移过来，并且他们将不会更新MRO软件包（https://docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/tasks/using-r-language/#switch-an-environment-from-r-to-mro）。 r :: mro-base的最新版本为3.5.1，并且已使用1年以上。 r :: r-essentials的最新版本是3.6.0

我是否可以用更新的R和MKL创建Conda环境？

Answer 1

优先考虑Conda Forge并显式指定libblas构建对我来说很有效（ osx-64 ）。例如，

YAML

name: R_mkl
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - conda-forge::r-essentials=3.6
  - conda-forge::libblas=3.8.0=14_mkl

已激活环境中R -e "sessionInfo()"的输出：

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: macOS Mojave 10.14.6

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /Users/mfansler/miniconda3/envs/r_mkl/lib/libmkl_rt.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1

希望它与 linux-64 类似。

康达通过MKL安装r-essentials

1 个答案:

YAML