在具有多个bam文件的文件夹中合并成对的具有相同名称的bam文件

时间:2019-11-13 00:38:10

标签: merge samtools

我在一个文件夹中有几个BAM文件。这些来自两次运行。这是相同的示例,将具有两个BAM文件。我想选择一个样本的两个BAM文件,并使用samtools合并它们。两个BAM文件的名称的前几个字符相同,但中间不同。合并前如何根据零件通用名称选择两个BAM文件。这是一个需要的输出

AK_TS049_S97_sorted_rdgrp.bam    
AK_TS049_sorted_rdgrp.bam    
AK_TS1100_S907_sorted_rdgrp.bam    
AK_TS1100_sorted_rdgrp.bam

samtools    merge    AK_TS049_merged.bam    AK_TS049_S97_sorted_rdgrp.bam AK_TS049_sorted_rdgrp.bam  

samtools    merge    AK_TS1100_merged.bam    AK_TS1100_S907_sorted_rdgrp.bam AK_TS1100_sorted_rdgrp.bam     

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