我正在研究大型R(v3.6.0)代码库,并试图了解它在做什么。为此,我使用Numpy(v1.14.3)将一些R代码转换为Python(v3.6.5)。我有一段看起来不错的R代码:
> v<-c(1,1,1,1)
> qrout<-qr(v)
> qr.Q(qrout)
[,1]
[1,] -0.5
[2,] -0.5
[3,] -0.5
[4,] -0.5
> qr.R(qrout)
[,1]
[1,] -2
Python等效项不很好:
>>> import numpy as np
>>> v=np.ones(4)
>>> v
array([1., 1., 1., 1.])
>>> np.linalg.qr(v)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/opt/python/3.6.5/lib/python3.6/site-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 753, in qr
_assertRank2(a)
File "/opt/python/3.6.5/lib/python3.6/site-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 195, in _assertRank2
'two-dimensional' % a.ndim)
numpy.linalg.linalg.LinAlgError: 1-dimensional array given. Array must be two-dimensional
看一下文档,似乎R中使用LAPACK的DQRDC(2)
/ DGEQP3
/ ZGEQP3
,而Numpy使用LAPACK的dgeqrf
,zgeqrf
,{{ 1}}和dorgqr
。显然,R对一维矩阵感到满意,而Numpy则不满意。
问题
如何使用Numpy复制R的QR因式分解?
答案 0 :(得分:1)
如错误消息中所述
数组必须是二维的
In [7]: qr(v[:,None])
Out[7]:
(array([[-0.5],
[-0.5],
[-0.5],
[-0.5]]), array([[-2.]]))
编辑
接下来的内容与上面的代码没有什么不同,但是谁知道...
In [28]: from numpy.linalg import qr
...: from numpy import ones
In [29]: v = ones(4) ; print(v.shape) ; print(v[:,None].shape) # adding a dimension
(4,)
(4, 1)
In [30]: q, r = qr(v[:, None])
In [31]: print(q) ; print() ; print(r)
[[-0.5]
[-0.5]
[-0.5]
[-0.5]]
[[-2.]]
In [32]:
在Python / numpy中,数组只能具有一维,但是qr
需要二维数组。
例如,在Python中,换位不会修改本质上是一维矢量的尺寸。
In [9]: print(v); print(v.T)
[1 1 1 1]
[1 1 1 1]
[10]: print(v.shape); print((v.T).shape)
(4,)
(4,)
在R中,qr()
试图将其输入强制为二维数组(矩阵),因此qr()
为您执行此步骤,而在Python中,您必须显式地执行此操作。
向Numpy数组添加维的最惯用的方法是在切片对象中使用None
表示向其添加了虚拟维。