如何正确绘制igraph图以使其具有可比性？

Question

因此，正如标题所示，我需要能够绘制一些igraph的图并进行比较。为此，我相信传递坐标然后绘制坐标就足够了。然后我发现，这些图是根据提供的坐标绘制的，而且还根据节点的数量（或子网的数量或我无法理解的其他任何参数）绘制的。为了了解这个问题，这里有一个例子（与欧几里德距离有关的部分已注释，因为它需要特定的包装，但我也发布了输出信息）：

library(igraph)
#library(TSdist)

smallNet <- graph(edges=c(1,2), n=2, directed=F) 

V(smallNet)$name <- c("mint", "pepper")

# first try
dev.new()

V(smallNet)$x <- c(10, 23)
V(smallNet)$y <- c(29, 36)

plot(smallNet, vertex.label.color="midnightblue", vertex.size=40, vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely)
#print(paste("distance ", EuclideanDistance(V(smallNet)$x, V(smallNet)$y)))
#[1] "distance  23.0217288664427"


# second try
dev.new()

V(smallNet)$x <- c(1400, 1894)
V(smallNet)$y <- c(3700, 4140)

plot(smallNet, vertex.label.color="midnightblue", vertex.size=40, vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely)
#print(paste("distance ", EuclideanDistance(V(smallNet)$x, V(smallNet)$y)))
#[1] "distance  3214.73420363177"

# third try
dev.new()

V(smallNet)$x <- c(10000, 26230)
V(smallNet)$y <- c(13800, 32150)

plot(smallNet, vertex.label.color="midnightblue", vertex.size=40, vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely)
#print(paste("distance ", EuclideanDistance(V(smallNet)$x, V(smallNet)$y)))
#[1] "distance  7034.65706342534"

问题在于，（欧几里得）距离不同，但是，如果我查看这些图，显然没有任何变化。另一方面，某些地方必须有所不同，因为节点的距离在增加。

我注意到增加几个节点可以改善可视化效果，但是我仍然相信我得到的绘图在某种程度上没有考虑实际距离。这是具有更多节点的另一个示例代码：

# first try
evenBigger <- graph(edges=c(1,2, 2,3, 3,1, 4,5), n=5, directed=F) 

V(evenBigger)$name <- c("pear", "mango", "blueberry", "coconut", "fig")

dev.new()

V(evenBigger)$x <- c(0, 25, 50, 70, 60)
V(evenBigger)$y <- c(0, 80, 20, 120, 40)

plot(evenBigger, vertex.label.color="midnightblue", vertex.size=40, vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely)

# second try
evenBigger <- graph(edges=c(1,2, 2,3, 3,1, 4,5, 6,6), n=6, directed=F) 

V(evenBigger)$name <- c("pear", "mango", "blueberry", "coconut", "fig", "jujube")

dev.new()

V(evenBigger)$x <- c(0, 25, 50, 70, 120, 2000)
V(evenBigger)$y <- c(0, 80, 20, 120, 140, 2000)

plot(evenBigger, vertex.label.color="midnightblue", vertex.size=40, vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely)

在这两个新示例中，有所改变，因为与其他节点相比，枣节点现在距离很远。从图形的角度来看，现在两个网是否具有可比性？如果没有（我相信是这样）...为了使它们具有可比性，我应该怎么做？

我尝试按照提到的here设置xlim和ylim，但似乎无法使用：

# first try
evenBigger <- graph(edges=c(1,2, 2,3, 3,1, 4,5), n=5, directed=F) 

V(evenBigger)$name <- c("pear", "mango", "blueberry", "coconut", "fig")

dev.new()

V(evenBigger)$x <- c(0, 25, 50, 70, 60)
V(evenBigger)$y <- c(0, 80, 20, 120, 40)

plot(evenBigger, vertex.label.color="midnightblue", vertex.size=40, vertex.color="thistle1", xlim=c(0, 2500), ylim=c(0, 2500), layout=layout_nicely)

# second try
evenBigger <- graph(edges=c(1,2, 2,3, 3,1, 4,5, 6,6), n=6, directed=F) 

V(evenBigger)$name <- c("pear", "mango", "blueberry", "coconut", "fig", "jujube")

dev.new()

V(evenBigger)$x <- c(0, 25, 50, 70, 120, 2000)
V(evenBigger)$y <- c(0, 80, 20, 120, 140, 2000)

plot(evenBigger, vertex.label.color="midnightblue", vertex.size=40, vertex.color="thistle1", xlim=c(0, 2500), ylim=c(0, 2500), layout=layout_nicely)

非常欢迎提出建议！

Answer 1

igraph绘图会进行一些缩放，从而导致这种非直观的输出。您可以通过打开轴来查看。在这里，我将为您进行“第二次尝试”

### Second try
V(smallNet)$x <- c(1400, 1894)
V(smallNet)$y <- c(3700, 4140)
plot(smallNet, vertex.label.color="midnightblue", 
    vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely,
    axes=TRUE, main="Second Try")

请注意，即使您将点放置在（x，y）=（1400,3700）和（1894，4140），它们也会绘制在（-1，-1）和（1,1）。 igraph会自动将x和y缩放为间隔[-1,1]。您可以使用rescale参数将其关闭。但是，这样做还需要其他更改。即使关闭重新缩放，igraph也会假定x和y的绘图间隔均为[-1,1]。您需要更改xlim和ylim。此外，节点大小以图形单位为单位，因此必须与数据范围成正比。我把所有这些都放进去了：

par(mfrow=c(1,3))

# first try
V(smallNet)$x <- c(10, 23)
V(smallNet)$y <- c(29, 36)
plot(smallNet, vertex.label.color="midnightblue", 
    vertex.size=8*diff(range(V(smallNet)$x)), 
    vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely, 
    xlim=range( V(smallNet)$x), ylim=range( V(smallNet)$y),
    rescale=FALSE, axes=TRUE, main="First Try")

# second try
V(smallNet)$x <- c(1400, 1894)
V(smallNet)$y <- c(3700, 4140)
plot(smallNet, vertex.label.color="midnightblue", 
    vertex.size=8*diff(range(V(smallNet)$x)), 
    vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely,
    xlim=range( V(smallNet)$x), ylim=range( V(smallNet)$y),
    rescale=FALSE, axes=TRUE, main="Second Try")

# third try
V(smallNet)$x <- c(10000, 26230)
V(smallNet)$y <- c(13800, 32150)
plot(smallNet, vertex.label.color="midnightblue", 
    vertex.size=8*diff(range(V(smallNet)$x)), 
    vertex.color="thistle1", layout=layout_nicely, 
    xlim=range( V(smallNet)$x), ylim=range( V(smallNet)$y),
    rescale=FALSE, axes=TRUE, main="Third Try")

现在您可以看到，即使形状相似，它们的比例也不同。