Question

我正在尝试按照多阶段方法在R-base上构建图像。如何将已安装的软件包从1ste阶段复制到2nd阶段？还有别的吗？

当前文件基本上给了我一个“无包装”的基于R的版本。因此，在1ste阶段安装的软件包会“丢失”在某个地方。

我认为这与制作和选择正确的目录有关。这对我来说是一个令人困惑的部分，因为我对Docker化应用程序还很陌生。

感谢您的所有帮助！

在我当前的文件下面：

# Base image
FROM rocker/r-base:latest AS stage1

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
r-cran-pdftools \
r-cran-dplyr \
r-cran-stringr \
libxml2-dev \
libssl-dev && \
echo "r <- getOption('repos');r['CRAN'] <- 'http://cran.us.r-project.org'; options(repos = r);" > ~/.Rprofile && \
Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))"

##2nd stage, pulling 'fresh' base image
FROM rocker/r-base:latest

#COPY packages from 1st stage
COPY --from=stage1 /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library

## create directories
RUN mkdir -p /script \

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

Answer 1

在注释中，您指出您想摆脱任何多余的“重量”。后者通常来自于安装开发工具和软件包。现在，rocker/r-base映像已经具有相当大的分量，因为它安装了r-base-devel及其相关性。但是，我们可以通过摆脱构建时的依赖关系，而在最终映像中仅保留运行时的依赖关系，以尝试不增加更多的权重。 R程序包在运行时不需要的构建时依赖关系通常是开发文件，例如系统库的头文件，例如您在运行时不需要libxml2-dev软件包。 libxml2包就足够了。我看到了几种可能的方法。

首先，对于那些需要针对系统库进行编译的软件包，可以使用二进制软件包。我没有检查AzureStor的依赖关系，但是很可能所有必需的R软件包都以已编译的Debian软件包形式存在。这些将仅取决于运行时相关性，从而使映像大小较小且构建时间较短。您的Dockerfile看起来像这样：

FROM rocker/r-base:latest

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
    r-cran-pdftools \
    r-cran-dplyr \
    r-cran-stringr \
    r-cran-... \
    r-cran-... && \
    Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))" && \
    apt-get clean %% \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm -rf /tmp/*

## create directories
RUN mkdir -p /script 

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

第二，您可以在从源安装R软件包之前安装构建时和运行时依赖项，并在其后删除构建时依赖项，所有这些都可以在一个命令中完成：

FROM rocker/r-base:latest

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
    r-cran-pdftools \
    r-cran-dplyr \
    r-cran-stringr \
    libxml2-dev libxml2 \
    libssl-dev libssl1.1 && \
    Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))" && \
    apt-get purge --yes libxml2-dev libssl-dev && \
    apt-get clean %% \
    rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
    rm -rf /tmp/*


## create directories
RUN mkdir -p /script 

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

最后，您可以使用具有三个阶段的多阶段构建：

添加运行时依赖项。
添加构建时依赖项并将软件包安装到/usr/local/lib/R/site-library中。
使用1.作为基础，然后从2.添加软件包。

是这样的：

# Base image
FROM rocker/r-base:latest AS stage1

## install binary, build and dependend packages
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
r-cran-pdftools \
r-cran-dplyr \
r-cran-stringr \
libxml2 \
libssl1.1 && \
apt-get clean %% \
rm -rf /var/lib/apt/lists/* && \
rm -rf /tmp/*

FROM stage1 AS stage2
RUN apt-get update && apt-get install -y -qq --no-install-recommends --purge \
libxml2-dev \
libssl-dev && \
Rscript -e "install.packages(c('AzureStor'))"


FROM stage1

COPY --from=stage2 /usr/local/lib/R/site-library /usr/local/lib/R/site-library

## create directories
RUN mkdir -p /script \

#Copy scripts
COPY /script /script

## Set workdir
WORKDIR /script

我亲自使用了第一种和第二种方法。我尚未测试第三种方法，因为我希望它也能正常工作。

如何在R-base映像上使用多阶段构建将“安装”的R-package从1ste阶段“复制”到第二阶段？

1 个答案: