Question

R安装在我们的大学集群上，但用户无权在主存储库中安装软件包。是否可以在我的用户登录中设置个人或临时存储库，我可以在其中安装和运行R包？

我一直在尝试使用install.packages安装软件包：

>install.packages('BiocInstaller_1.13.2.tar.gz', destdir="/home/jti222/programs",
lib="/home/jti222/R", repos=NULL, type="source")

然后它返回以下消息：

/share/cluster/apps/R/2.8.1/lib64/R/bin/INSTALL: line 280: /usr/bin/sed: No such 
file or directory
ERROR: cannot extract package from 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz'
Warning message: In install.packages("BiocInstaller_1.13.2.tar.gz", destdir =    
"/home/jti222/programs",  : installation of package 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz' 
had non-zero exit status

是否缺少参数或是否无法执行此操作？

感谢您的帮助！

Answer 1

R 2.8.1很老（2009年？）;当您尝试install.packages()或source("http://biocondcutor.org/biocLite.R"); biocLite()时，最近的版本会询问您是否要在自己的库中安装软件包，即您正在尝试做的事情！此外，BiocInstaller的版本设计用于特定版本的R，版本1.13。*用于与当前开发（成为3.1）版本的R一起使用;试着在几岁的R上运行目前的Bioconductor软件包，你不会有任何长期的幸福。

请系统管理员安装最近的R;没有意义，有一个花哨的集群运行旧软件。

或者自己安装R.它实际上并不太难（这可能是轻描淡写，特别是如果已安装的软件与R软件一样旧）;这是official instructions;你只需要弄清楚第1和第2.1部分，就像

那样

mkdir ~/src && cd ~/src
svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-devel
R-devel/tools/rsync-recommended
mkdir ~/bin/R-devel && cd ~/bin/R-devel
~/src/R-devel/configure && make -j

接着是

~/bin/R-devel/bin/R

可能会让你在那里大部分时间。如果存在重大问题，例如关于缺少libxml或其他丢失/过时的库，那么最好的办法是与系统管理员交谈。

可以从个人存储库在集群上安装和运行R软件包吗？

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