如何在重复功能中正确纳入重复测量?

时间:2019-10-25 10:11:41

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我正在进行森林恢复,我想测试3种处理对物种组成的影响。

总结我的数据:我有18个站点中的34种维管束植物的存在/不存在和丰度数据(ID)。在这些站点中,应用了3种不同的处理方法(每个Treatment中有6个站点),并且在应用Timeline之前,之后和之后8年收集了数据,因此我还采取了重复措施。

在对adonis2()执行permanova测试之前,我对数据进行了平方根变换,然后使用vegdist()的方法brayFL.dist)创建了距离矩阵。

测试并满足了各组之间分散均匀性的假设。要执行permanova,我使用了以下代码:

FL.div<-adonis2(FL.dist~Treatment+Timeline, data=Permanova_fieldlayer, 
                permutations = 999,method="bray", strata="ID")

我的问题是,我是否将Timeline视为另一个固定因素效应?如何指定该变量应用作重复测量?

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