重复测量方差分析

Question

执行重复测量ANOVA的通用代码是什么？

我目前正在使用代码：

summary(aov(Chlo~Site,data=alldata)). 

我正在单独测试三个不同的站点（站点）和四个到期变量（Chlo，SST，DAC和PAR）。我也在评估这些变量和年份（2003年和2012年之间）的任何差异：

summary(aov(Chlo~Year,data=year))

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

一般情况下，您应避免使用aov执行多次调用，而应使用混合效果线性模型。

您可以在此post by Paul Gribble

中找到几个示例

我经常使用nlme包，例如：

require(nlme)
model <- lme(dv ~ myfactor, random = ~1|subject/myfactor, data=mydata)

根据你可能在更复杂的情况下运行的情况，我建议你看一下Julian Faraway的非常清晰的书“使用R扩展线性模型：广义线性，混合效应和非参数回归模型“

此外，如果您有更具体的统计问题，您可以在CrossValidated询问。

Answer 2

使用aov函数的技巧是你只需要添加错误术语。正如其中一个guides所说：错误术语必须反映出我们有“治疗嵌套在受试者中”。

因此，在您的情况下，如果Site是重复措施，您应该使用：

summary(aov(Chlo ~ Site + Error(subject/Site), data=alldata))