Question

我正在尝试使用Dockerfile安装R软件包。

我安装了映像Rocker/Rstudio。

Dockerfile的内容为：

# Base image https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio
FROM rocker/rstudio:latest

## Create directories
RUN mkdir -p /rstudio
RUN mkdir -p /rscripts


##Install R packages
RUN R -e "install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')"

然后，我建立自己的形象：docker build -t my_r_image . 生成图像，但未安装软件包，因为出现此警告：

将软件包安装到“ / usr / local / lib / R / site-library”（因为“ lib”为未指定）警告：无法访问存储库的索引 http://cran.us.r-project.org/src/contrib：无法打开URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'

我尝试将http://cran.us.r-project.org替换为= 'http://cran.rstudio.com/')"，但收到类似的错误消息，提示它无法访问存储库的索引。

有人知道我在做什么错吗？

edit1：看下面的输出：

.libPaths()
    [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/local/lib/R/library"     

install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')
        Warning in install.packages :
          unable to access index for repository https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib:
          cannot open URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib/PACKAGES'
        Installing packages into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
        (as ‘lib’ is unspecified)
        Warning in install.packages :
          unable to access index for repository http://cran.us.r-project.org/src/contrib:
          cannot open URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'
        Warning in install.packages :
          packages ‘rvest’, ‘jsonlite’, ‘data.table’, ‘stringr’ are not available (for R version 3.6.1)

Answer 1

奇怪的是，对于完全相同的Dockerfile，我可以使用rocker / tidyverse存储库而不是rocker / rstudio安装软件包。有人知道为什么吗？

使用Dockerfile安装R软件包

1 个答案: