Question

python 3.7.3，rpy2 3.2.0，以下代码：

from rpy2 import robjects

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 14, in <module>
    import rpy2.rinterface as rinterface
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface.py", line 6, in <module>
    from rpy2.rinterface_lib import openrlib
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface_lib/openrlib.py", line 65, in <module>
    _get_dataptr_fallback)
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface_lib/openrlib.py", line 50, in _get_symbol_or_fallback
    res = getattr(rlib, symbol)
RuntimeError: found a situation in which we try to build a type recursively.  This is known to occur e.g. in ``struct s { void(*callable)(struct s); }''.  Please report if you get this error and really need support for your case.

这是怎么回事？这看起来像rypy2的标准过程，实际上是我们在python 2下使用它的方式。

同一问题适用于任何类型的rpy2导入：import rpy2.robjects.tests等。

Answer 1

我遇到了同样的问题，并在上面链接的@ejolly中发现了同样的问题。为了解决这个问题，我将cffi库从1.13.0降级到1.12.3。

pip install cffi==1.12.3

像魅力一样工作。

Answer 2

编辑： cffi 1.13.1已发布。只需更新它，一切都可以正常工作。

此问题在cffi 1.13.0中出现，但似乎仅限于ABI模式。

rpy2将尝试使用API模式，但是如果失败，则会默默地退回到ABI模式。如果您的系统可以配置为具有C编译器，则应安装API模式。要强制使用API模式，请设置环境变量：

RPY2_CFFI_MODE=API

（请参阅文档中的信息框： https://rpy2.github.io/doc/v3.2.x/html/overview.html#install-from-source）

带导入robject的python 3.7问题上的rpy2 3.2.0

2 个答案: