Question

我正在尝试安装rJava以便在运行Linux的超级计算机的服务器上进行MaxEnt（Dismo软件包）。所有其他软件包均已成功，但是rJava仍会出错。

我已经遵循了thread的回答，包括使用jre将R CMD javareconf添加到我的文件路径，并安装了一个新的JDK并将其指定为$ JAVA_HOME。不幸的是，由于我在服务器上的角色，我无法使用apt-get函数，尽管我认为这将是最好的解决方案，因为它将纠正我的必要文件路径。但是，也许我缺少引起错误的其他东西。

这是我正在使用的Java版本： -openjdk版本“ 1.8.0_181” -OpenJDK运行时环境（内部版本1.8.0_181-b13） -OpenJDK 64位服务器VM（内部版本25.181-b13，混合模式）

这是产生的错误消息

checking whether ~/Core/java/1.8.0_121/bin/javah actually works... no
checking whether javah was replaced by javac -h... no
configure: error: one or more Java tools are missing.

*** JDK is incomplete! Please make sure you have a complete JDK. JRE is *not* sufficient.
configure: error: ./configure failed for jri
ERROR: configuration failed for package 'rJava'
* removing '/home/afila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/RtmpvYtNJY/downloaded_packages'

Answer 1

我遇到的问题确实是权限问题。有人通过使用proot模拟根系统来帮助我解决了它。之后，只需重新配置目录和R对它的访问权限即可。

在Unix中

mkdir ~/etc cp -a $EBROOTR/lib64/R/etc/* ~/etc proot -b R CMD javareconf -e

在R

install.packages("rJava") library(rJava)

rJava无法在服务器上安装

1 个答案: