Question

我在centOS VM（cloudera cdh3u4）上安装rJava时遇到问题。

我先做了这个：sudo R CMD javareconf

[cloudera@localhost ~]$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.6.0_31
Java home path   : /usr/java/jdk1.6.0_31/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.:
Java archive tool: /usr/bin/jar
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server:$(JAVA_HOME)/lib/amd64:$(JAVA_HOME)/../lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib64:/lib64:/lib:/usr/lib
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64 -L$(JAVA_HOME)/../lib/amd64 -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux

Updating Java configuration in /usr/lib64/R
Done.

但是当我想安装rJava时，我就把它解决了：

> install.packages( c('rJava'),
+ repos='http://cran.revolutionanalytics.com')

    ...
    configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
    Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
    R CMD javareconf
    as root to add Java support to R.

    If you don't have root privileges, run
    R CMD javareconf -e
    to set all Java-related variables and then install rJava.

    ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
    * removing ‘/home/cloudera/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.15/rJava’

    The downloaded source packages are in
            ‘/tmp/RtmpR5V6t5/downloaded_packages’
    Warning message:
    In install.packages(c("rJava"), repos = "http://cran.revolutionanalytics.com") :
      installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status

我不确定，但这是否意味着我需要安装JDK？如果是的话，你知道一个好的网站，我找到了为我的案例安装正确的JDK的分步信息吗？（我的最终目的是安装rhdfs，rjava是一个必需的依赖项）

Answer 1

是的，你确实需要JDK。

对于它的价值，我的Debian / Ubuntu软件包在构建openjdk-6-jdk软件包时会安装r-cran-rjava。

看起来java-1.6.0-openjdk.x86_64包应该适合您，您也可以尝试java-1.7.0-openjdk.x86_64。

Answer 2

试试这个对我有用的克服配置问题 http://www.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

我努力安装rJava并且很少学习。让我解释。在R

中发出install package命令时

install.packages("rJava")

查看R env中设置的以下变量。

检查R中的Java支持...现在：解释器：＆＃39; /usr/java/jdk1.8.0_111/jre/bin/java'存档者：＆＃39; /usr/java/jdk1.8.0_111/jre /../箱/罐＆＃39;编译器：＆＃39; /usr/java/jdk1.8.0_111/jre /../仓/ javac的＆＃39;标题准备：＆＃39; /usr/java/jdk1.8.0_111/jre /../仓/ JAVAH＆＃39; cpp标志：＆＃39; -I / usr / lib / jvm / java / include -I / usr / lib / jvm / java / include / linux＆＃39; java的 libs：＆＃39; -L / usr / java / jdk1.8.0_111 / jre / lib / amd64 / server -ljvm -ldl＆＃39;

我的java安装了/usr/java/jdk1.8.0_111。验证变量指定的每个路径是否正确。接下来找你LD_LIBRARY_PATH。我认为它寻找＆＃34; libjvm.so＆＃34;在这条道路上。对我来说是

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_111/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_111/jre/lib/amd64/

设置您的JAVA_HOME env变量

首先发出命令

R CMD javareconf -e

它将设置以下变量 JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH 修改JAVA_LIBS目录

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"

再次发出不带-e

的javareconf命令

R CMD javareconf

现在进入R shell并发出rJava install命令，它应该找到所有的env变量，它应该可以工作。

Answer 3

早期版本会出现间歇性问题。镜子不是最新的，所以请访问www.rforge.net上的来源：http://www.rforge.net/rJava/files/。请使用

install.packages('rJava',,'http://www.rforge.net/')

安装。“ 这几乎是正确的。这实际上有效：

install.packages（'rJava',. libPaths（）[1]，'http：//www.rforge.net/'）

“.libPaths（）[1]，”只是告诉R将软件包安装在主库目录中。出于某种原因，将值保留为空白不起作用，即使它应该作为默认值工作。

在centOS上安装rJava

3 个答案: