R Markdown渲染无法通过mlogit进行编织,找不到对象,但是代码块有效

时间:2019-10-13 10:51:45

标签: r r-markdown

我已经在整个网站上进行了基本搜索(例如R Knit Markdown code chunk: "object not found"),但是我认为没有发现任何可以解决我的问题的东西,或者至少没有解释为什么会出现我的问题。

我的.rmd中只有很少的代码块来自https://cran.r-project.org/web/packages/mlogit/vignettes/e1mlogit.html

首先是加载数据

rm(list = ls())
library(mlogit)
data("Heating", package = "mlogit")
H <- mlogit.data(Heating, shape = "wide", choice = "depvar", varying = c(3:12))

然后我适合模型,但是我使用ref_level_var而不是任何特定的字符串"gr"

ref_level_var <- "gr"
mc <- mlogit(formula = depvar ~ ic + oc, data = H, reflevel = ref_level_var)

奇怪的是,当我尝试

head(predict(mc, newdata = H))

现在,因为我需要将文件编织成两种不同的格式(通过Knit one markdown file to two output files解决),所以我在.rmd的标头中使用以下knit

knit: (function(inputFile, encoding) {
  rmarkdown::render(inputFile, encoding = encoding, output_format = c("html_document", "pdf_document"))})

但是,这将导致以下错误

Error in model.frame.mFormula(formula = depvar ~ ic + oc, data = structure(list(: object 'ref_level_var' not found

很明显,尽管在某处有ref_level_var行,但似乎ref_level_var <- "gr"在编织会话中还是看不到的。为什么会发生此错误,我该如何解决?

请注意,该错误非常奇怪,因为用knit替换整个output: html_document行不会导致错误。

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