“ R”:定义与时间相关的ROC(特别是timeROC包)的截止时间

时间:2019-10-02 09:01:58

标签: r time cut roc

希望有人能帮助我。

我使用timeROC软件包为特定标记创建了时间相关的ROC曲线。我想在特定时间找到此标记的最佳截止点,最好使用“尤登指数”。不幸的是,我在R中找不到任何函数可以帮助我为随时间变化的ROC曲线定义此切点。

'cutpointr'和'optimalcutpoint'软件包仅适用于常规ROC,不适用于与时间有关的ROC(如果我是对的)。

基本上我的数据如下:

  • 标记<-c(1.774,1.731,1.667,1.751,1.551,1.693,1.765,1.717,1.769,1.696,1.680,1.607,1.575,1.851,1.665,1.710,1.790,1.503,1.571,1.812)
  • ID <-c(1:20)
  • time_change <-c(3.03,3.0,3.04,2.0,10.3,0.98,3.09,1.5,6.96,6.96,7.15,3.17,4.1,9.05,1.98,11.1,3.1,2.99,4.98,6.5)
  • prog_var <-c(0,0,0,1,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0 )

  • df <-data.frame(ID,prog_var,marker,time_change)

和我的公式来创建时间相关的ROC:

  • ROCMarker <-timeROC(T = df $ time_change,delta = df $ prog_var,marker = df $ marker,cause = 1,times = c(1,2,3))

ROCMarker包含:TP,FP,AUC,时间,累积发生率,survProb,n和我真正不需要的其他一些信息。

有人可以给我任何建议吗?谢谢!

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