Question

我可以使用一些预先指定的截止值（阈值）来绘制带有pROC包的ROC曲线吗？例如，我可以输入控制/案例值和我自己的阈值点来计算相应的敏感度和特异性吗？

Answer 1

查看?plot.roc。

我们说你有：

my.cutoff <- 0.6

然后你可以这样做：

library(pROC)
data(aSAH)
plot.roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b, print.thres = my.cutoff)

Answer 2

要在我的其他答案中解决您的意见（但不回答您的问题，我上面评论过这个问题无法解答），我可以帮您找到您想要的方法。请不要在任何情况下将其称为ROC曲线：它不是！请自行提供一个描述性名称，具体取决于本练习的目的（您从未解释过）。

您可以使用pROC间接执行您想要的操作：在所有阈值上计算ROC，提取所需的坐标：并使用梯形函数完成。

library(pROC)
data(aSAH)
my.cutoff <- c(0.6, 1, 1.5, 1.8)
roc.obj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
like.coordinates <- coords(roc.obj, c(-Inf, sort(my.cutoff), Inf), input="threshold", ret=c("specificity", "sensitivity"))

现在您可以将结果绘制为：

plot(like.coordinates["specificity",], like.coordinates["sensitivity",], xlim=c(1, 0), type="l")

并计算AUC，例如使用包trapz中的caTools函数计算：

library(caTools)
trapz(like.coordinates["specificity",], like.coordinates["sensitivity",])

再一次，你没有绘制ROC曲线，你计算的AUC不是ROC曲线。

pROC R包装有定制的截止值吗？

2 个答案: