我正在探索一些生物信息学数据，我希望在可能的情况下使用R笔记本（即Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析VCF文件，我想通过Rmarkdown笔记本中的Bash代码块来完成它。
问题是我要使用的命令与conda一起安装到了conda环境中。该工具为bcftools。当我尝试访问此命令时，出现此错误（注释掉代码块以显示rmarkdown代码块格式）：
#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```
/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found
如果我从Terminal运行，则会得到输出（使用名为“ binfo”的conda环境）：
> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10 78484538 . A C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0 0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12 4333138 . G T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0 0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15 75086860 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095 GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0 0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)
那么，如何从R Notebook / Rmarkdown bash代码块访问conda / conda env中安装的工具？我搜索了很长时间，但找不到任何人谈论在Rmarkdown的shell块中运行conda命令。任何帮助将不胜感激，因为我喜欢R笔记本格式用于探索性分析。
答案 0 :(得分：2)
如果您的Conda是properly configured to work in bash，则可以使用engine.opts告诉bash以登录模式启动（即，将.bash_profile（Mac）或.bashrc用作源（ Linux））：
```{bash engine.opts='-l'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
如果与zsh（例如Mac OS 10.15 Catalina用户）一起使用，则交互式标记--interactive|-i是您想要的（来源： @Leo ）。
```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```
同样，这假定您先前已经运行conda init zsh来设置Conda以使用该Shell。
由于可重复性通常是科研工作中要考虑的问题，因此我要补充一点，您可能想做一些事情来捕获Conda环境的状态。例如，如果您正在使用版本控制，则提交conda env export > environment.yaml。另一个选择是直接在Rmd的末尾输出该信息，就像通常用sessionInfo()完成的那样。就是
```{bash engine.opts='-l', comment=NA}
conda env export
```
comment=NA所在的位置，以便可以从呈现的版本中完全复制输出。
答案 1 :(得分：0)
bash的快速解决方案：在您的Bash脚本中将以下初始化脚本添加。
eval "$(command conda 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
# you may need to activate the "base" environment explicitly
conda activate base
打开终端时，会生成一个交互式外壳。但是您的脚本在非交互式外壳中运行。 Bash配置文件~/.bashrc将不用于脚本，脚本将跳过conda的初始化，并且您的“基本”环境不会暴露在PATH中。