我正在尝试使用bioconda的normR软件包(R库)作为snakemake工作流程的一部分。我的conda环境看起来像这样:
channels:
- bioconda
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- bioconductor-normr
当我尝试使用该库时,出现此错误:
Error: package or namespace load failed for ‘normr’ in rbind(info, getNamespaceInfo(env, "S3methods")):
number of columns of matrices must match (see arg 2)
Execution halted
我试图在Google上找到一个解决方案,看来这可能与R版本不兼容有关。Conda正在安装R版本3.5.1。但是,每当我尝试更改环境以使用较新或较旧的版本时,在尝试设置环境时都会得到此提示:
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
- bioconductor-normr -> bioconductor-bamsignals[version='>=1.14.0,<1.15.0'] -> bioconductor-biocgenerics[version='>=0.28.0,<0.29.0'] -> r-base[version='>=3.5.1,<3.5.2.0a0'] -> pango[version='>=1.40.14,<1.41.0a0'] -> harfbuzz[version='>=2.3.0,<3.0a0']
- r-base=3.6.0
因此,似乎bioconductor-normr设置为要求R的特定版本。此软件包当前是否在conda上损坏,或者有什么方法可以解决此问题?