default.default(x,nmax = nmax)中的错误:unique()仅适用于向量

时间:2019-09-20 11:14:22

标签: r error-handling vegan

我知道这个问题以前曾被问过,但是给出的答案都没有解决我的问题。

我不断收到错误消息

  

当我尝试计算ANOSIM时,RStudio中的“ unique.default(x,nmax = nmax)中的错误:unique()仅适用于矢量”。

我正在一个数据表上执行ANOSIM,该数据表包含一个事件ID标签,物种%覆盖率数据,UTM坐标以及有关重金属浓度,盐度和pH的几个数据。我已附上我的数据的样本快照-> Data example

这里有一些数据(对不起,代码块,但是它没有以其他方式对齐属性):

EventID P1  P2  H       N(%)    Cu(ug/g) Mn(ug/g)
T1P0S1  0   100 0       0.0098  12.8     73.1
T1P0S2  10  90  0.1412  0.0084  11.6     95
T1P0S3  5   95  0.0862  0.0042  24.8     138.5
T1P0S4  40  60  0.2923  0.007   28.3     126.8
T1P0S5  15  85  0.1836  0.0042  25.8     137.1
T1P50S1 100 0   0       0.0056  8.2      73.2
T1P50S2 0   100 0       0.0042  6        110.6
T1P50S3 40  60  0.2923  0.0056  0        99.7
T1P50S4 5   95  0.0862  0.0028  32.8     208.3
T1P50S5 55  45  0.2988  0.0042  15.5     140

这是我的代码:

library(vegan)
library(robustHD)

mydata <- read.csv2("C:/Users/cathr/OneDrive/Dokumenter/KU/Kandidat/Thesis/Stat/veg.csv", header = TRUE, sep= ";",dec = ".")
myData <- mydata[1:85,]
rownames(myData) <- myData$EventID
myData <- myData[,-1]
apply(myData, 1, sum)

mydata[1:47] <- lapply(mydata[1:47], as.numeric)

standardize(mydata, centerFun = mean, scaleFun = sd)

mydata.bc.dist <- vegdist(mydata, method = "bray")

anosim(mydata.bc.dist, grouping, permutations = 999, distance = "bray", strata = NULL, parallel = getOption("mc.cores"))`

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