我知道这个问题以前曾被问过,但是给出的答案都没有解决我的问题。
我不断收到错误消息
当我尝试计算ANOSIM时,RStudio中的“ unique.default(x,nmax = nmax)中的错误:unique()仅适用于矢量”。
我正在一个数据表上执行ANOSIM,该数据表包含一个事件ID标签,物种%覆盖率数据,UTM坐标以及有关重金属浓度,盐度和pH的几个数据。我已附上我的数据的样本快照-> Data example
这里有一些数据(对不起,代码块,但是它没有以其他方式对齐属性):
EventID P1 P2 H N(%) Cu(ug/g) Mn(ug/g)
T1P0S1 0 100 0 0.0098 12.8 73.1
T1P0S2 10 90 0.1412 0.0084 11.6 95
T1P0S3 5 95 0.0862 0.0042 24.8 138.5
T1P0S4 40 60 0.2923 0.007 28.3 126.8
T1P0S5 15 85 0.1836 0.0042 25.8 137.1
T1P50S1 100 0 0 0.0056 8.2 73.2
T1P50S2 0 100 0 0.0042 6 110.6
T1P50S3 40 60 0.2923 0.0056 0 99.7
T1P50S4 5 95 0.0862 0.0028 32.8 208.3
T1P50S5 55 45 0.2988 0.0042 15.5 140
这是我的代码:
library(vegan)
library(robustHD)
mydata <- read.csv2("C:/Users/cathr/OneDrive/Dokumenter/KU/Kandidat/Thesis/Stat/veg.csv", header = TRUE, sep= ";",dec = ".")
myData <- mydata[1:85,]
rownames(myData) <- myData$EventID
myData <- myData[,-1]
apply(myData, 1, sum)
mydata[1:47] <- lapply(mydata[1:47], as.numeric)
standardize(mydata, centerFun = mean, scaleFun = sd)
mydata.bc.dist <- vegdist(mydata, method = "bray")
anosim(mydata.bc.dist, grouping, permutations = 999, distance = "bray", strata = NULL, parallel = getOption("mc.cores"))`