Question

我有r脚本，其中包含一个循环，我在其中调用rmarkdown::render()以创建多个HTML报告。此过程一直很好，直到我开始生成更大的报告文件（这使我开始思考内存问题） ...）。

在几次成功的迭代之后，该过程将在R控制台Error: pandoc document conversion failed with error 1033中以以下消息停止。

在循环中如何使用render()函数：

for (i in 1:length(random_vector)) {
  id = random_vector[i]

  knitr::knit_meta(class=NULL, clean = TRUE) # does not prevent the problem

  rmarkdown::render("my_rmd_file_that_generates_reports.Rmd", 
                    output_file = paste(id_fiche, "report.html"))

}

此处未提及此错误：https://pandoc.org/help.html，并且与该错误不对应：https://github.com/jgm/pandoc/issues/1033。 rmarkdown::render() in a loop - cannot allocate vector of size此处使用此行：knitr::knit_meta(class=NULL, clean = TRUE)提到的想法无法解决此问题。

注意：由于我不知道问题的确切根源，因此我无法给出一个可复制的例子，我希望有人遇到同样的问题并找到解决问题的方法。

会话信息：

R版本3.6.0（2019-04-26）

平台：x86_64-w64-mingw32 / x64（64位）

在以下操作系统上运行：Windows 10 x64（内部版本18362）

[编辑] 这是我正在使用的pandoc版本：

>pandoc_version()
[1] ‘2.6’

Answer 1

这是解决错误的过程。这个想法来自@tarleb's评论。错误1033不是Pandoc错误；这里未引用它：https://github.com/jgm/pandoc/blob/master/MANUAL.txt#L1384。

knitr::knit_meta(class=NULL, clean = TRUE)不能解决内存使用问题

如建议here一样，更新Pandoc可能是解决方案。

使用rmarkdown::pandoc_version()检查当前用于生成Rmarkdown报告的pandoc版本。
访问此网站：https://pandoc.org/releases.html，检查您使用的版本是否为最新版本。

对我而言并非如此（我使用的是Pandoc v2.6，最后一个是v2.7.3）因此，我遵循了此页面上的教程：https://pandoc.org/installing.html。

然后，我检查了rmarkdown::pandoc_version()是否返回了最新的版本号，并重新运行了R脚本。解决了这个问题。

Answer 2

一个小技巧：我需要添加的是，当我第一次安装Pandoc时，我选择了私有用户而不是公共用户。因此，在R中输入rmarkdown::pandoc_version()后仍给出2.60。因此最好选择公开安装。

呈现多个Rmarkdown报告时出现Pandoc错误1033

2 个答案: