Question

我有一个作业问题，指出以下内容：文件“ channel_islands_counts_edit.csv”包含多年来在许多地点收集的来自海峡群岛的温带岩石礁鱼类的调查数据。数据具有“年”，“日期”，“地点”，“计数”和“物种名称”列（分为成人和青少年）。我提供给您的数据版本涵盖了27年中的16个站点，其中包含27种鱼类的计数数据。想象一下，我们对不同物种的丰度是否在整个站点之间相关（以了解物种是否具有相似的栖息地偏好和/或彼此相互作用）以及跨站点的相关性是否随时间变化感兴趣。为了使之可视化，请编写一些执行以下操作的代码：对于每一年，绘制一个散点图，比较各个站点之间的红褐藻（Hypsypops rubicundus）（成虫）和成虫（paralabrax clathratus）（成虫）的含量。如果认为可以帮助您查看任何模式，则可以随意变换数据以进行绘图。

我导入了数据集，并运行以下代码，该代码给出了27个图，其中Site为x，Count为y，但图中未显示任何数据。

head(channel_islands)
sapply(channel_islands, class) 
levels(channel_islands$SpeciesName)
par(mfrow= c(6,5)) # set the plotting area into a 6 row*5 column array
for (i in 1:27) {
  HR11<-subset(channel_islands,SpeciesName=="Hypsypops rubicundus,adult"[i] & Site==11)
  PC15<-subset(channel_islands,SpeciesName=="Paralabrax clathratus,adult"[i] & Site==15)
with(HR11,plot(count~Site,type='b',pch=19,ylim=c(0,10),xlim=c(0,16),col='green',main=i))
with(PC15,plot(count~Site,type='b',pch=19,ylim=c(0,10),xlim=c(0,16),col='blue',main=i))
}

27年来，如果有人可以帮助我弄清楚如何比较各个地点的物种丰度，我将非常感激。

Answer 1

代码"Hypsypops rubicundus,adult"[i]确实没有意义。从技术上讲，它应该在i == 1时才起作用，但除此之外，它只会返回NA。我假设SpeciesName == NA永远不会为真，所以您会得到一个空子集。

请考虑将ggplot2与facet_grid结合使用以快速制作多个图而没有循环。 The R Graphics Cookbook提供了有关使用构面的良好示例。

用于比较物种丰度的散点图

1 个答案: